DNA barcoding of fifteen shrimp and prawn species (Decapoda:Crustacea) living in Turkish coastal waters with phylogeographic comparisons
- Global styles
- Apa
- Bibtex
- Chicago Fullnote
- Help
Abstract
DNA barkodlama tekniği genetik analiz ve tür tanımlamada oldukça çabuk ve yararlı bir yöntemdir. Bu çalışma ile Türkiye sularında bulunan karideslerin genetik barkodlaması sistematik olarak ilk kez yapılmıştır. Bu çalışma Türkiye sularında bulunan karideslerin genetik çeşitliliğini DNA barkodlama tekniği ile belirlemeyi hedeflemektedir. Bu yöntem ile Türkiye sularından on beş farklı karides türünün genetik çeşitliliği belirlenmiş ve mümkün olduğunda diziler kullanılarak Akdeniz ve doğu Atlantik'teki diğer dizilerle filocoğrafi karşılaştırmalar da yapılmıştır. 12 farklı türden 51 mitokondriyal CO1 bölgesi ve altı farklı türden 64 16S dizisi elde edilmiştir. BOLD veritabanından 12 farklı bireye ait CO1 bölgesi, GenBank veritabanından ise dört farklı bireye ait 16S ve beş farklı bireye ait CO1 bölgeleri incelenmiştir. Çalışmada elde edilen dizilerde barkodlama aralığının iyi çalıştığı gözlemlenmiştir. İncelenen 12 yeni CO1 dizisinden beşinin, altı 16S dizisinden ise dördünün kendi türüne özgü bir barkoda sahip olduğu gözlemlenmiştir (BOLD ve GenBank ile karşılaştırılmıştır). Dokuz türde iki tür içi klad gözlenlenmiştir. CO1 dizisi elde edilen sekiz türde ağaç tanımlanması tam olarak çalışmıştır. Son olarak, kataloglamanın temel adımlarından olan türlerden çıkarılan DNA'nın uzun süre Enstitü'nün Çevre Bilimleri Laboratuvarlarında saklanması ile DNA barkodlama bankasının oluşturulması için ilk adım atılmıştır. DNA barcoding is useful for the quick identification and potential discovery of species. Systematic DNA barcoding on decapods has not been done in Turkey previously, and this thesis will be a first in this regard. In this study, DNA barcoding technique is used for the determination of genetic diversity of the shrimp and prawn species in Turkish waters. Through this approach the genetic diversity of fifteen shrimp and prawn species living in Turkey was evaluated and when possible the genetic data were compared with those available from different parts of the Mediterranean and eastern Atlantic. 51 COI sequences from 12 different species, and 64 16S sequences from six different species are generated for this study. The barcoding gap using CO1 seemed to work well with these species. Out of the new sequences generated, five species had unique barcode sequences that are distinct from those found in any other species in BOLD and four 16S sequences are new (based on a comparison with GenBank). In nine species two intraspecific clades were retrieved after analyses. In eight species for which CO1 data was produced, the tree identification method worked accurately. Finally, as a part of the barcoding approach, genetic material from the studied species is now stored at Institute of Environmental Sciences Laboratories, comprising a first step towards formation of a DNA Barcoding bank for these species.
Collections