Show simple item record

dc.contributor.advisorİşsever Öztürk, Saliha
dc.contributor.authorBalci, Hüseyin
dc.date.accessioned2020-12-10T11:59:58Z
dc.date.available2020-12-10T11:59:58Z
dc.date.submitted2015
dc.date.issued2018-08-06
dc.identifier.urihttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/274010
dc.description.abstractPenisilin G asilaz, β-laktam antibiyotiklerinin endüstriyel olarak üretiminde kullanılan anahtar bir enzimdir. Penisilin G ve diğer β-laktam antibiyotiklerinin penisilin G asilaz ile hidrolizi sonucunda 6-aminopenisillanik asit (6-APA) oluşmakta ve oluşan 6-APA ise yarı sentetik antibiyotiklerin üretiminde kullanılmaktadır. Endüstride bu amaç için en çok kullanılan Escherichia coli penisilin G asilazı olmasına rağmen, bu enzimin özellikle kataliz reaksiyonlarındaki etkinliği istenilen seviyede değildir. Bu çalışmada, Escherichia coli penisilin G asilazının enzimatik aktivitesini artırmak amacıyla, hataya eğilimli polimeraz zincir reaksiyonunun birbirini izleyen turları Escherichia coli pac genine uygulandı. Arka arkaya yapılan iki tur hataya eğilimli polimeraz zincir reaksiyonunun ardından, artmış enzim aktivitesine sahip en iyi mutant olan M2234 seçildi ve analiz edildi. M2234'ün yapılan DNA dizi analizi sonucunda, aktif merkezden uzakta yer alan 297'inci amino asit rezidüsünün lizinden izolösine değiştiği görüldü (K297I). Yapılan nitelendirme çalışmalarının ardından, mutant enzimin yaban tip enzime göre 4 kat fazla spesifik aktiviteye sahip olduğu ve ayrıca pH 10'da daha yüksek kararlılık sergilediği görüldü. Bu çalışma güncel bilgiler ışığında değerlendirildiğinde, E. coli pac geni mutantlarının oluşturulmasında hataya eğilimli PCR yönteminin kullanıldığı ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır.
dc.description.abstractPenicillin G acylase is the key enzyme used in the industrial production of β-lactam antibiotics. This enzyme hydrolyzes penicillin G and other β-lactam antibiotics releasing 6-aminopenicillanic acid (6-APA), which used in the production of semisynthetic antibiotics. Although Escherichia coli penicillin G acylase is most commonly used in industry for this purpose, this enzyme is not good enough for catalysis reactions. In this work, to improve the enzymatic activity of Escherichia coli penicillin G acylase, sequential rounds of error-prone polymerase chain reaction were applied to the Escherichia coli pac gene. After two rounds of error-prone polymerase chain reaction, the best mutant M2234 with enhanced activity was selected and analyzed. DNA sequence analyses of M2234 revealed that one amino acid residue (K297I), located far from the center of the catalytic pocket, was changed. This mutant (M2234) has a specific activity 4.0 times higher than the parent enzyme and also displayed higher stability at pH 10. To our knowledge, there was no report in which the error-prone PCR method was used to improve the properties of penicillin acylase.en_US
dc.languageTurkish
dc.language.isotr
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightsAttribution 4.0 United Statestr_TR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectBiyolojitr_TR
dc.subjectBiologyen_US
dc.subjectBiyoteknolojitr_TR
dc.subjectBiotechnologyen_US
dc.subjectGenetiktr_TR
dc.subjectGeneticsen_US
dc.titleRekombinant soylarda penisilin asilaz üretkenliği ve niteliklerinin yönlendirilmiş evrim ile iyileştirilmesi
dc.title.alternativeImprovement of productivity and properties of penicillin acylase producing recombinant strains by directed evolution
dc.typedoctoralThesis
dc.date.updated2018-08-06
dc.contributor.departmentMoleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı
dc.identifier.yokid10071313
dc.publisher.instituteFen Bilimleri Enstitüsü
dc.publisher.universityGEBZE TEKNİK ÜNİVERSİTESİ
dc.identifier.thesisid389472
dc.description.pages116
dc.publisher.disciplineDiğer


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess