Olea europaea cv Gemlik (zeytin) bitkisine ait cDNA kütüphanesinin hazırlanması ve sonuçların bioinformatik analiz yöntemleri ile değerlendirilmesi
- Global styles
- Apa
- Bibtex
- Chicago Fullnote
- Help
Abstract
Anavatanı Akdeniz havzası olan Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik) bitkisi ekonomik açıdan ülkemiz için önemli olan tarım ürünleri arasında yer almaktadır. Bu çalışmada zeytin bitkisinden alınan yaprak ve meyve örnekleri kullanılarak iki ayrı cDNA kütüphanesi yeni gen keşfi ve gen fonksiyon analizleri için önemli olan EST'leri oluşturmak için hazırlanmıştır. Kurulan cDNA kütüphanelerinden tesadüfi seçilen 3840 adet klon örneklerinin dizi analizleri yapılarak zeytin için EST (Expressed Sequence Tags) kolleksiyonu oluşturulmuştur.Zeytin bitkisine ait ham EST verilerinin analiz edilmesi için Phred/ Phrap/ Consed bilgisayar programları ile düşük kaliteli diziler ve vektör fragmentleri uzaklaştırılmıştır. Fragment eşleştirme işlemi için hem Phrap hem CAP3 programı ayrı ayrı kullanılarak yapılmış ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma için Consed programı her iki programın sonucu kontrol edilerek değerlendirilmiştir. CAP3 programına ait sonuçlar daha uygun bulunduğu için çalışmaya bu verilerle devam edilmiştir. CAP3 programından elde edilen veriler NCBI'a (National Center for Biotechnology Information) ait GenBank veritabanıyla BLASTN uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır ve GenBank'a kaydedilmiştir.Anahtar Kelimeler: Zeytin (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA kütüphanesi, Biyoinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3 Olive (Olea europaea L.) is a very important agriculture product for our country which was originated in Mediterenian region. In this study we prepared a cDNA library from young olive leaves and fruits for generation of ESTs (Expressed Sequence Tags) which are useful for the discovery of novel genes and searching for the function of unknown genes. 3840 colonies which are randomly selected from the libraries were sequenced for obtained olive ESTs collection.For analysis of the raw EST data in olive genom, low-quality sequences and the vector fragment was removed with Phred / Phrap / Consed computer programmes. Fragment assembly was done with the CAP3 and Phrap softwares and results were compared with each other and evaluated with the Consed program. According comparasion two program, CAP3 was accepted as a reliable source and their result was acceptapted to continue further analysis. The data obtained from the CAP3 program were compared to the GenBank database of NCBI using BLASTN tool and submitted to NCBI data base. The results showed that new information about olive genom and also putative function of the sequences.Keywords: Olive (Olea europaea L. cv. Gemlik), EST, cDNA library, Bioinformatik, Phred/ Phrap/ Consed, CAP3
Collections