Adıyaman ili tütün üretim alanlarındaki bazı tütün virüslerinin multipleks RT-PCR yöntemi ile araştırılması ve bazı virüs izolatlarının moleküler karekterizasyonu

Abstract

Adıyaman ili tütün üretim alanlarında Tütün virüslerini (TMV, TEV, PVY, CMV ve TVBMV) tespit etmek amacı ile 2018 yılında survey çalışmaları yapılmıştır. Tütün virüslerinin varlığını test etmek için multipleks RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Adıyaman ilinde tespit edilen virüslerin kılıf protein genlerinin moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. İldeki tütün tarlalarından 450 tane taze tütün yaprak örneği toplanmıştır. Test edilen 450 tütün örneğinden 40 tanesinde CMV (% 8.8), 25 tanesinde TMV (% 5.5), 1 tanesinde TMV+CMV karışık enfeksiyon (% 0.2) tespit edilmiştir. Adıyaman ilinde tütün virüslerinin genel infeksiyon oranı % 14.4 olarak bulunmuştur. Yapılan testler sonucunda toplanan tütün örneklerinde TEV, PVY, TVMBV virüsleri tespit edilememiştir. Adıyaman ilinde belirlenen virüslerin kılıf protein genlerinin tamamının moleküler klonlama karakterizasyonları yapılmıştır.Tespit edilen her virüs türünden rastgele ikişer izolat seçilerek kılıf protein genleri karakterize edilmiştir. TMV 20 nolu örnek (Gen bankası Ulaşım No:MK677444), TMV 307 nolu örnek (Gen bankası Ulaşım No:MK689859), CMV 61 nolu örnek (Gen bankası Ulaşım No:MK704430) ve CMV 73 nolu örnek (Gen bankası Ulaşım No:MK704429) virüslerinin kılıf protein genlerinin tamamı klonlanarak üniversal primerler ile DNA dizilemeleri gerçekleştirilmiştir. TMV Adıyaman izolatlarının dünyadaki 19 farklı izolatın nükleik asitleri ile % 72.3-% 99.17 değişen oranlarda benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. CMV Adıyaman izolatlarının nükleik asit düzeyinde dünyadaki 20 farklı izolat ile % 74.09-99.54 arasında benzerlik gösterdikleri belirlenmiştir. Bu çalışma ile Adıyaman ili tütün üretim alanlarında CMV ve TMV ilk defa rapor edilmiştir.

Survey studies were conducted in 2018 in order to detect tobacco viruses (TMV, TEV, PVY, CMV and TVBMV) in tobacco production areas of Adıyaman province. Multiplex RT-PCR method was used to test the presence of tobacco viruses. Four hundred fifty fresh leaf samples were collected from tobacco fields in Adiyaman province. Of the 450 tobacco samples tested, 40 had CMV (8.8 %), 25 had TMV (5.5 %), and 1 had TMV + CMV infection (0.2 %). The overall infection rate of tobacco viruses in Adiyaman province was found to be 14.4%.According to the molecular tests, TEV, PVY, TVMBV viruses were not detected in the collected tobacco samples.Among the viruses detected in Adıyaman province, all of the coat protein genes of two randomly selected isolates (TMV 20, TMV 307, CMV 61and CMV 73) were cloned and molecularly characterized. TMV Adıyaman isolates showed similarity between 72.3 % and 99.17 % while CMV Adıyaman isolates showed similarity between 74.09-99.54 % at nucleotide level with other 19 different isolates in the World. Othervise, CMV Adıyaman isolates showed similarity between 74.09 % and 99.54 % at nucleotide level with other 20 different isolates in the world. In this study, CMV and TMV were first reported in tobacco production areas of Adiyaman province.