Van Gölü Havzasından izole edilen endofit bakterilerin karakterizasyonu ve in vitro koşullarda bazı bitki patojeni bakterilere karşı antagonistik etkilerinin belirlenmesi

Abstract

Sürdürülebilirlik açısından bitki gelişimini teşvik eden ve bitki hastalıklarını baskılayan PGPR'lar ve bu grupta yer alan, bitki dokusu içerisinde kolonize olabilmesiyle öne çıkan endofit bakterilerin tarımda kullanımı gün geçtikçe önemini arttırmaktadır. Bu çalışmada, Van Gölü Havzasında üretimi yapılan kültür bitkilerinden izole edilen 191 endofit bakteri seçici besiyerleri kullanılarak in vitro'da azot fiksasyon kabiliyetleri, fosfataz aktiviteleri, siderofor üretimleri, ACC-deaminaz üretimleri ve indol-3-asetik asit üretim kabiliyetleri yönünden karakterize edilmiştir. Karakterizasyon çalışmalarında gösterilen başarıya göre endofit bakteriler önceden belirlenen bir tartılı derecelendirme puanına tabi tutulmuş ve ilk 30 izolatın belirlenen 7 bitki patojenine karşı in vitro'da antagonistik etkileri değerlendirilmiştir. Karakterizasyon ve antagonizm sonuçlarına göre en başarılı 5 izolatın 16srRNA bölgesi dizi analizi yoluyla tanılamaları gerçekleştirilmiştir. In vitro testler sonucunda izolatların hiçbirinin azot fiksasyonu yapmadığı, % 20'sinin fosfataz aktivitesi gösterdiği, % 53.3'ünün indol-3-asetik asit ürettiği, % 13.9'unun ACC-deaminaz enzimi ürettiği ve % 75'inin siderofor ürettiği belirlenmiştir. V33K1, V35Y1, V34G1, V17G2, V30Y3, V38K1, V17K1 ve V36Y2 kodlu izolatının karakterizasyon çalışmalarında incelenen 5 özelliğin 4'üne sahip olduğu belirlenmiştir. V30Y3 ve V30G2 kodlu izolatların bütün patojenlere karşı engelleme zonu oluşturarak en başarılı izolatlar olmuştur. Antagonizm çalışmalarında kullanılan 30 izolatın 17'sinin en az 1 patojene karşı engelleme zonu oluşturduğu belirlenmiştir.

In terms of sustainability, the use of PGPR's which promotes plant growth and suppresses plant diseases and in this group endophytic bacteria which are prominent in the colonization of plant tissue increases their importance in agriculture. In this study, 191 endophyte bacteria isolated from plants in Van Lake Basin were characterized using a selective media by the following in vitro tests; nitrogen fixation ability, phosphatase activity, siderophore production, ACC-deaminaz production and indole-3-acetic acid secretion ability. According to the success of the characterization studies, endophytic bacteria were subjected to a predetermined scoring system and the antagonistic effects of the first 30 isolates against 7 plant pathogens in vitro were evaluated by measuring the inhibition zones against pathogens. According to characterization and antagonism results, the most successful 5 isolates were identified by 16srRNA region sequence analysis. As a result of in vitro tests, none of the isolates were found to have nitrogen fixation ability, 20 % had phosphatase activity, 53.3 % made indole-3-acetic acid secretion, 13.9 % produced ACC-deaminaz enzyme and 75 % produced siderophore. V33K1, V35Y1, V34G1, V17G2, V30Y3, V38K1, V17K1 and V36Y2 coded 8 endofit bacteria isolates were determined to have 4 of the 5 properties investigated in the characterization studies. V30Y3 and V30G2-coded isolates were the most successful isolates by creating a inhibition zone against all pathogens. It was determined that 17 of the 30 isolates used in antagonism studies formed a zone of inhibition against at least 1 pathogen.