Soğan Sak nematodu (Ditylenchus dipsaci)` nun sarımsak bitkisinde moleküler karakterizasyonu

Abstract

İnsan beslenmesinde olduğu kadar ekonomik olarak da önemli bir yere sahip olan sarımsak bitkisinin Türkiye' de geniş bir alanda üretimi yapılmaktadır. Sarımsak yetiştiriciliğinde üretimi kısıtlayan önemli biyotik streslerden biri olan, soğan sak nematodu olarak da bilinen Ditylenchus dipsaci (Kühn) karantinaya tabi olup bulunduğu yerlerde sarımsak üretimini büyük sekteye uğratmaktadır. Bu nedenle sarımsak yetiştirme alanlarında bölgesel olarak bulunan soğan sak nematodunun dağılım ve populasyon durumunun güncel olarak bilinmesi, sarımsak bitkisi üzerinde bulunan ırkların moleküler düzeyde tespiti ve o bölgede bulunan ırkların konukçu spektrumlarının bilinmesi büyük önem arz etmektedir. Bu çalışmanın amacı; Türkiye' nin en fazla sarımsak üretimi yapılan illerinden alınan soğan sak nematodu izolatlarının ITS-rDNA dizilerine spesifik moleküler markörler ile tür teşhislerinin yapılmasıdır. Çalışmada 2016 ve 2017 yıllarında Kastamonu, Amasya, Tokat, Aksaray, Tekirdağ, Balıkesir, Bursa, Hatay, Gaziantep, Kahramanmaraş, Adıyaman ve Kırklareli illerinde sarımsak yetiştirilen alanlardan alınan bitki ve toprak örneklerinden izole edilen nematodların moleküler taramaları sonucunda elde edilen verilerin filogenetik analizi ile incelenen nematodların tür teşhisleri yapılmıştır. Bu tezde türe spesifik 10 farklı SSR ve SCAR primeri ile moleküler taramalar yapılarak 58 adet nematod örneğinden 39 tanesinin Ditylenchus dipsaci olduğu tespit edilmiştir. Çalışma ile ülkemizde sarımsak yetiştirme alanlarında bulunan soğan sak nematodu ırklarının tespiti, bu nematoda karşı alınabilecek kontrol önlemlerinin daha bilinçli ve etkin bir şekilde yapılmasına yardımcı olacaktır.

Garlic plant, which has an important place in the economy as well as in human nutrition, is grown extensively in Turkey. Ditylenchus dipsaci (Kühn), also known as the stem and bulb nematode, is one of the most important biotic stresses that limit the production in garlic cultivation and is under quarantine as it significantly interrupts garlic production wherever it emerges. Thus, being up to date regarding the distribution and population of the stem and bulb nematode, which is locally found in the areas of garlic cultivation, identification of the breeds found on the garlic plant at the molecular level and knowing the host spectra of the breeds found at the region are of great importance. The objective of this study is to perform species diagnosis of the ITS-rDNA sequences of the stem and bulb nematode isolates collected from the cities where the highest level of garlic cultivation is performed in Turkey using specific molecular markers. In the study, the types of nematodes have been identified using the phylogenetic analysis of the data obtained as a result of the molecular screening of the nematodes isolated from the plant and soil samples collected from the areas where garlic is cultivated in Kastamonu, Amasya, Aksaray, Tekirdağ, Balıkesir, Bursa, Hatay, Gaziantep, Kahramanmaraş, Adıyaman and Kırklareli provinces between 2016 and 2017. In this thesis, upon molecular screening using 10 different species-specific SSR and SCAR primers, it was found that 39 nematode samples of 58 are Ditylenchus dipsaci. Identification of the breeds of stem and bulb nematodes found in the areas of garlic cultivation in our country with this study will be useful in the conscious and efficient application of the preventive measures against this nematode.