Yeni bir hücre-içi sinyalizasyon molekülünün karakterizasyonu

Abstract

ÖZ YÜKSEK LİSANS TEZİ YENİ BİR HÜCRE-İÇİ SİNYALİZASYON MOLEKÜLÜNÜN KARAKTERİZASYONU Özen DEMİRKAN Harran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Osman ÇEN Yıl: 2005, Sayfa: 40 Bu çalışma, maya ikili hibrid sistemi kullanılarak elde edilen ve IL-5 reseptörü (IL-5)'nün a alt ünitesiyle bağlantı kuran bir cDNA (klon-l)'nın karakterizasyonu ile ilgilidir. Tez çalışmasında klon- l'in Gen Bankasındaki karşılığı, genin kromozomal yerleşimi ve gen yapısı belirlenmiştir. Bunun dışında genin mRNA'sı belirlenerek sentezliyebileceği protein, bu proteinin molekül ağırlığı ve izoelektrik noktası, hücredeki yerleşimi, fonksiyonel domeyn ve motifleri ve translasyon sonrası geçirebileceği modifikasyonlar belirlenmiştir. Yapılan bu analizler sonucunda klon-Pin 9. kromozom üzerinde yer aldığı belirlenmiştir. Bu proteinin cadherin ve ribosomal L19 isimli proteinlere ait motifler ve görevi bilinmeyen URM1 isimli bir korunmuş domeyn taşıdığı belirlenmiştir. Bunun dışında bu proteinin iki serin ve bir tirozin fosforilasyonu geçirebileceği belirlenmiştir. Deneysel olarak klon-1'in plazmid içinde bulunan cDNA'sı bakteriye transform edilerek, plazmid izolasyonu yapılmış ve DNA kesim enzimleri ile analizi yapılarak elektroforez ile ayrıştınlmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Astım, eosinofil, IL5R, biyoinformatik, transformasyon

ABSTRACT Master Thesis CHARACTERIZATION OF NEW INTRACELLULAR SIGNALING MOLECULE Özen DEMİRKAN Harran University Graduate School of Natural and Applied Sciences Departmant of Biology Supervisor: Assist. Prof. Dr. Osman ÇEN Year: 2005, Page: 40 This study is on in silico (bioinformatical) characterization of a cDNA (clone- 1) cloned as an IL-5 receptor alpha (IL-5Ra) interacting molecule in the yeast two-hybrid system. The corresponding gene in the Genebank, its chromosomal location and its structure has been defined. In addition, the mRNA expressed from this gene, its open reading frame (ORF), its predicted protein product, and its physical and chemical properties were determined. The cellular distribution, the functional domains, and the post-translational modifications of this protein were investigated. The results show that the gene is located on the chromosome 9. The protein product of this gene contains cadherin and ribosomal L19 protein motifs and one conserved URM1 domain of unknown function. The protein is predicted to be phosphorylated on two serine and one tyrosine residue. Experimentally, the cDNA of clone- 1 in a plazmid was transformed into bacteria, purified, digested with restriction enzymes, and analysed with electrophoresis. KEY WORDS: Asthma, eosinophil, IL-5R, bioinformatics, transformation 11