Microsatellit (SSR) DNA markörlerinin mercimek genom haritalamasında kullanılması

Abstract

Bu çalışmada, SSR markörlerinin mercimek (Lens culinaris Medik) genomuna ait bağlantı haritasında kullanılması amaçlanmıştır. Çalışma materyali olarak mercimek hattı WA8649041 ile Precoz çeşidinin melezlemesinden elde edilen bireylerin tek tohuma dayalı (single seed descent) metotla 6 generasyon kendileme yapılarak elde edilen 93 adet rekombinant saf hatlardan (RIL, recombinant inbreed lines) oluşan populasyon kullanılmıştır. Deneme materyali, Washington State Üniversitesi, Pullman, ABD den temin edilmiştir.Genom haritalamasında SSR markörlerine ilaveten RAPD, AFLP, ISSR ve morfolojik markörler kullanılmıştır. Çalışmada 175 SSR primeri kullanılmış olup, 25 SSR primeri polimorfik, 109 SSR monomorfik ve 41 SSR çalışmamıştır. Polimorfik SSR markörleri genetik bağlantı haritasında belirli bir kromozom veya grupta toplanmayıp farklı bağlantı gruplarına dağılmıştır. Halihazırda mevcut 123 markörden oluşan genom haritasına (57 AFLP, 48 RAPD, 16 ISSR ve 2 morfolojik markör) bu çalışmayla 13 SSR markör ilave edilerek genom haritasındaki toplam markör sayısı 136 olmuştur. Genom haritası 11 bağlantı (linkaj) grubundan oluşmuş olup, toplam harita uzunluğu 1311.2 cM dir. WSU' dan temin edilen SSR primerlerinde (Rajesh ve ark., 2008) polimorfizm oranı düşük (% 6.45) olduğu belirlenmiştir. Duran ve ark. (2004) ile ICARDA' dan sağlanan SSR primerlerinin (Hamwieh ve ark., 2005) polimorfizm oranı nispeten yüksek bulunmuştur (sırasıyla, % 20 ve % 34.8). Tüm SSR primerleri toplu olarak değerlendirildiğinde, polimorfizm oranı %14.3 gibi düşük bulunmuştur. Bağlantı grupları 1, 3, 4 ve 7 hariç, diğer bağlantı gruplarında en az 1 SSR markörü haritalanmıştır.

The objective of this study was to integrate the SSR (Simple sequence Repeats) markers in lentil genetic linkage map. To construct the linkage map, an F6 derived Recombinant inbreed line (RIL) population with 93 lines developed from the cross of WA8649041 x Precoz lentil lines was used. Linkage map was comprised of RAPD, ISSR, AFLP, SSR and morphological markers. One hundred seventy five (175) SSR markers were used in the study. 25 SSR markers were found polymorphic, while 109 SSR markers were monomorphic and 41 SSR markers did not work. SSR markers were distrubuted in different linkage groups rather than clustering in some linkage groups. Of the 25 SSR markers, 13 of them were mapped in lentil genome and the current genetic linkage map is comprised of 136 markers including 57 AFLP, 48 RAPD, 16 ISSR, 2 morphologicl and 13 SSR markers. Genetic linkage map is comprised of 11 linkage groups with 1311.2 cM in length and average genetic distance between two markers is 9.64 cM. Polymorphizm rate of SSR primers provided from Washington State University) was low (6.45%). Polymorphism rate of SSR primers obtained from ICARDA and Duran et al. (2004) were relatively higher (34.8 and 20 %, respectively). Almost in each linkage group had at least one SSR marker except 4 linkage groups (LG1, LG3, LG 4 and LG7)