Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu

Abstract

Zeytin bitkisi Akdeniz havzasına özgü ve iklimin tipik bitkilerinden birisi olup, sağlık, gıda, kozmetik gibi alanlarda yüksek ekonomik değeri olan ve ülkemizin de önemli miktarda yetiştiriciliğini üstlendiği bir ağaçtır. mikroRNAlar 18-22 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan ancak gen ifadesi düzenlenmesinde post-transkripsiyonel olarak rol oynayan tek zincirli RNA dizileridir ve stres dayanıklılığı, gelişim gibi süreçlerde miRNAların işlevleri bilinmektedir. Bu çalışmada yabani zeytin bitkisinin yaprak ve pedisel dokularının Temmuz ve Kasım aylarında alınan örneklerinin RNAları izole edilerek yüksek verimli dizileme teknolojisiyle elde edilen okumalar üzerinden ve küçük RNA kütüphanesi kullanılarak yeni ve korunmuş miRNA tespiti biyoinformatik olarak yapılmış, katlanma yapıları RNAfold ile belirlenmiştir. Analizler sonucu toplamda 20 korunmuş, 23 yeni miRNA bulunmuştur. Hedef mRNAların gen ontolojisi Blast2GO ile yapılmış, miRNAlar ve hedefleri eş zamanlı PCR deneyi yapılmış ve 7 örnekten 5 miRNA/hedef arasındaki ilişki doğrulanmıştır.

Olive is a tree that is specific to Mediterranean basin and one of the typical plants of the climate and has high values on fields like health, food, cosmetics and our country bears the production in significant amounts. microRNAs are 18-22 nucleotide long non-coding, single-stranded RNA sequences that regulates gene expression on post-transcriptional level and are known to be involved in various biological processes such as stress tolerance and development. In this study samples were taken on July and November from wild olive tree's pedicel and leaf tissues and their RNA extracted to identify conserved and novel miRNAs bioinformatically on the RNA sequence and small RNA deep-seq and novel and conserved miRNAs were obtained via bioinformatics. As a result 20 conserved and 23 novel miRNAs were detected. Gene ontologies of target mRNAs were done via Blast2GO and the expression levels of miRNAs and their target genes were quantified by qRT-PCR. 5 out of 7 miRNA/target gene relationship were verified.