The Molecular heterogenetity of B thalassemia in Turkey. A novel mutation : FSC 22-24(-7bp)

Abstract

VI ÖZET P-thalassemi diğer Akdeniz ülkelerinde olduğu gibi Türkiye'de de önemli bir sağlık sorunu oluşturmaktadır. Hastalık geninin Türkiye genelinde görülme sıklığı yüzde iki olarak saptanmış olmakla birlikte, bu oranın bazı bölgelerde daha da yüksek olduğu bildirilmiştir. Türkiye'de hafif seyreden P-thalassemi intermedia ile ağır seyreden P-thalassemi majör arasında çok geniş bir klinik çeşitlilik görülmektedir. Hastalığın en önemli nedenini halen yüzden fazlası belirlenmiş olan nokta mutasyonları oluşturmaktadır. P-thalassemiye yol açan nokta mustasyonlarını tanımlamak için kullanılan en güncel ve duyarlı yöntem, (5-globin gen bölgesinin polimeraz zincirleme reaksiyonu (PCR) ile yaklaşık bir milyon defa çoğaltılmasını içerir. Günümüzde PCR,dot-blot hibridizasyonu ve DNA dizi analizi ile birlikte, çeşitli etnik gruplardaki P-thalassemi mutasyonlarının tanımlanmasında etkin olarak kullanılmaktadır. Toplam 225 P-thalassemi kromozomunu kapsayan bu çalışma çerçevesinde 12 değişik nokta mutasyonu tanımlanmış, ve Türk toplumunun P-thalassemi açısından çok heterojen bir yapıya sahip olduğu gözlenmiştir. Bulgularımıza göre, Türkiye'de görülen moleküler defektlerde ilk dört sırayı alan IVS-I-110, IVS-I-6, FSC-8 ve IVS-I-1 alellerinin toplam sıklığı yaklaşık yüzde 63.1 dir; 16 prob çifti ile taranan 225 P-thalassemi kromozomunda bu oranın ancak yüzde 82.2'ye ulaşması, Türk toplumunda nadir ya da daha önceden belirlenmemiş mutasyonların olası varlığına işaret etmektedir. DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak bu tez çalışması çerçevesinde ilk defa tanımlanan yeni bir mutasyon, FSC 22-24 (-7bp), Türkiye'deki moleküler çeşitliliğin diğer bir kanıtıdır. Bu çalışmaya dahil edilen hastaların hiçbir ön seleksiyona tabi edilmeden seçilmiş olması dolayısı ile, elde edilen sonuçların Türkiye'deki mutasyon dağılımını gerçeğe yakın olarak yansıttığı düşünülmektedir.

ABSTRACT As in many Mediterranean countries, P-thalassemia is a major public health concern in Turkey. The gene frequency is estimated to be two per cent, and regions with higher frequencies are reported. Heterogeneity of ^-thalassemia in Turkey is reflected by a wide spectrum of clinical syndromes ranging from mild P-thalassemia intermedia to severe, transfusion dependent P-thalassemia major. The most important forms of the disease result from point mutations. At present more than 100 of these point mutations are known worldwide. An improved method of detecting P-thalassemia point mutations involves the polymerase chain reaction (PCR) where, specific DNA sequences can be artificially amplified about a million fold. The gene amplification procedure combined with the use of synthetic oligonucleotide probes and genomic sequencing has recently become an important tool in the identification of point mutations and is successfully applied to screening P-thalassemia mutations in different ethnic groups. In the framework of this thesis analysis of P-thalassemia defects in a total of 225 p-thalassemia chromosomes has revealed great molecular heterogeneity with 12 different mutations being observed. Unlike in some other Mediterranean populations, P-thalassemia in Turkey does not seem to be associated with a few predominant mutations. Our results indicate that the four most frequent alleles (IVS- 1-110, IVS-I-6, FSC-8,IVS-I-1) account for only 63.1 per cent of the disease gene, and all 16 mutations, assayed for by dot-blot hybridization, add up to about 82.2 per cent of the 225 P-thalassemia chromosomes studied, indicating the possible presence of rare and previously undescribed mutations in the heterogeneous gene pool of the Turkish population. Identification of a recent novel mutation, FSC 22-24 (-7 bp), by genomic sequencing is an additional proof for the heterogeneity of the disease in Turkey. Considering the fact that the patients involved in this study were randomly chosen, this distribution is expected to reflect the unbiased frequency of P- thalassemia mutations in Turkey.