Yeni nesil dizileme teknolojisi ile zeytinin (Olea Europea L. cv. Ayvalık) pedisel dokusunun transkriptom dizilemesi

Abstract

Zeytin (Olea europea L.) ağacı, Akdenizi simgeleyen bir kültürün parçası olmasının yanı sıra, oluşturduğu meyvesi ve bu meyveden elde edilen yağı ile ekonomik olarak çok değerli bir bitkidir. Bu çalışmada meyve ile ağaç arasındaki bağlantıyı sağlayan pedisel dokusunun gelişiminin moleküler mekanizmasını anlamak, bitkide fotosentez sonucu oluşan metabolitlerin zeytin meyvesine taşınımını sağlayan genetik mekanizmaları ortaya çıkarmak ve absisyon olayında etkili genetik faktörleri belirlemek için ham (Temmuz ayına ait), olgun (Kasım ayına ait) pedisel dokularından total RNA izole edilerek, yeni nesil dizileme teknolojisi Roche 454 GS FLX+ cihazı ile transkriptom dizileme çalışması yapılmıştır. Daha önce zeytinde pedisel dokusuna ait böyle bir çalışma yapılmamıştır. Dizileme sonucunda toplamda 164.733 okuma elde edilmiştir. Bu okumalar birleştirilerek biyoinformatik analizler yapılmış, elde edilen genler sınıflandırılarak tanımlanmıştır

In addition to being part of a culture that symbolizes the Mediterranean, the olive (Olea europeaL.) tree with its oil obtained from the fruit and its fruit is economically a very valuable plant. In this study, transcriptome sequencing work is performed by isolating total RNA from the mature (belongs to month of december) and underripe (belongs to month of july) pedicel tissues by means of the the new generation sequencing technology device Roche 454 GS FLX+ to understand molecular mechanisim of the development of the pedicel tissue providing link between fruit and tree, to reveal the genetic mechanisms allowing metabolites forming as a result of photosynthesis in plant to be carried to the olive tree and to determine genetic factors effective in the event of abscission. Such a study related to the pedicel tissue of olive has not been done before.164.733 reading in total has been obtained as a result of sequencing. Bioinformatics analyses has been made incorporating these readings and the genes obtained were classified and defined.