Improvement of carrier detection and prenatal diagnosis in Turkish duchenne/becker muscular dystrophy families using CA length polymorphisms

Abstract

ÖZET Duchenne tipi kas erimesi (DMD), çok sık görülen kalıtımsal bir hastalıktır. Her 3500 erkek çocuktan birini etkiler ve genç yaşta ölümle sonuçlanır. Tedavisi olmadığından DNA analizi yöntemleri kullanılarak gerçekleştirilen taşıyıcı tanısının ve doğum öncesi tanının aileler için önemi büyüktür. Bu çalışmada, çoklu polimerazla zincirleme sentez (PCR) yöntemi ile incelenen hastaların yüzde 55'inde mutasyon belirlenmiştir. Mutasyon bulunmayan ailelerde distrofm geninin içinde ve iki yanında yer alan CA uzunluk l(CA)n] polimorfizmleri kullanılarak bağlantı analizi gerçekleştirilmiştir. Bu (CA)n bölgeleri için amplifikasyon ve elektroforez koşullan ile Uç değişik belirleme yöntemi kurulmuş ve uygulanmıştır. Yirmialtı aileden 93 kişi bu (CA)n bölgeleri ile analiz edilmiştir. Distrofin geninde çoklu PCR yöntemi ile belirlenemeyen mutasyonların tanımlanabilmesi için yeni bir yöntem geliştirilmiştir. PCR ve poliakrilamid gel elektroforezi teknikleri kullanılarak geliştirilen bu yöntemin uygulanması kolaydır ve tutarlı sonuçlar vermektedir. Çoklu PCR ile mutasyon gözlenemeyen 16 hasta bu yöntemle taranmıştır; bir hastanın altıncı eksonunda yer alan tek bazlık yeni bir delesyon tanımlanmıştır. Bu çalışmanın sonuçlan, Türk DMD ailelerinde taşıyıcı tanısını ve doğum öncesi tanıyı daha hızlı ve güvenilir bir şekilde gerçekleştirebilmemize olanak sağlamaktadır.

IV ABSTRACT Duchenne muscular dystrophy (DMD), a progressive lethal neuromuscular disease, is one of the most common X-linked disorders, affecting one in every 3500 newborn males. Since there is no treatment or cure, the establishment of carrier detection and prenatal diagnosis techniques using DNA methods is necessary to offer genetic counselling to affected families. In this study, direct identification of the disease causing mutations was possible in 55 per cent of the cases examined using the multiplex PCR assays. In the remaining cases, linkage analysis was performed using CA length polymorphisms within and flanking the dystrophin gene. The amplification and electrophoresis conditions and three different detection systems for these (CA)n loci were established and optimized. Ninety-three individuals from 26 families were assayed for these (CA)n loci. For the purpose of identifying small mutations that cannot be detected by multiplex PCR, a method was developed to screen for point mutations in the dystrophin gene. This method makes use of PCR and polyacrylamide gel electrophoresis. It is simple to perform and yields reproducible results. Sixteen patients without an identifiable mutation were screened for point mutations; one patient was observed to have a one base pair deletion in exon 6. The results of this study will help to expand our ability to perform carrier and prenatal diagnoses in Turkish DMD families.