A Molecular investigation of b-thalassemia in the aegean and mediterranean coasts of Turkey: Is there a region dependent specificity

Abstract

Beta-talasemi diğer Akdeniz Ülkelerinde olduğu gibi, Türkiye'de de önemli bir sağlık sorunu oluşturmaktadır. Genin, Türkiye genelinde görülme sıklığı %2 olmakla birlikte, bu sayı bazı yörelerde oldukça daha yüksektir. Hastalığa neden olan mutasyonlann ülke çapındaki sıklıkları tanımlanmış olmakla birlikte, bu mutasyonlann bölgelere özgün dağılımını gösteren bir mutasyon haritası henüz mevcut değildir. Bu çalışma, Türkiye'nin Ege ve Akdeniz kıyılarında p-talasemi mutasyonlan açısından olası bir bölgeye özgün heterojeniteyi araştırmayı hedeflemektedir. İzmir, Antalya ve Adana Tıp Fakültelerinden Bölümümüze gönderilen hasta örneklerinin, Türkiye'nin Batı ve Güney Kıyılarındaki mutasyon dağılımım aksettirdiği varsayılmaktadır. Günümüzde nokta mutasyonlannın tanımında kullanılan en güncel yöntem, incelenen genin PCR metodu ile çoğaltılmasını, amplifıkasyonunu, ve amplifıye edilmiş gen bölgesinin mutasyona özgü oligonüldeotid problan ile hibridizasyonunun içermektedir. Bu tez çalışması çerçevesinde 191 P-talasemi kromozomu Akdeniz Ülkelerine özgü 19 oîigonükleotid probu kullanılarak analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlar incelenen her üç bölgede de Türkiye geneli ile kıyaslanabilecek bir moleküler heterojenite olduğunu ortaya koymuştur. Bölgeye özgün bir mutasyon çeşitliliği bulunmamış olmakla birlikte, incelenen bölgelerdeki mutasyon dağılımının ve sıralamasının birbirinden farklı olması, Türkiye'deki moleküler heterojeniteye bir ölçüde çözüm getirecektir.

As in many other Mediterranean countries, (^-Thalassemia is also a major public health concern in Turkey. The average gene frequency.is estimated to be two per cent, and regions with higher figures are known to exist. Country scale frequencies of p-thalassemia mutations have been established in Turkey by several investigators in the past, but mutational data maps at regional scale are not available yet. The present study was designed to investigate the presence of a possible locus-specific heterogeneity of ^-thalassemia mutations at the Aegean and the Mediterranean coasts of Turkey. Blood samples of patients sent to our laboratory from the Medical Schools in Izmir, Antalya and Adana were chosen as being representative for the Western and Southern parts of the country. The method of choice for screening a large number of chromosomes for point mutations, involves the PCR amplification of the gene under investigation, followed by hybridization of the amplified DNA to Allele Specific Oligonucleotide (ASO) probes. A total of 191 chromosomes were analyzed in the framework of this thesis using 19 oligonucleotide probes specific for the Mediterranean countries. The results obtained do confirm the remarkable molecular heterogeneity of P-thalassemia in all three districts investigated. Although a marked locus-specific heterogeneity of mutations was not observed, different patterns of mutational distribution were obvious, which may help in the elucidation of the molecular heterogeneity of Turkey in certain cases.