Haplotype analysis in Turkish cystic fibrosis patients

Abstract

Genlerle ilgili alellerin soyağacı boyunca kalıtım yoluyla ilerlemesi esnasında ortaya çıkan alel paternine haplotip denmektedir. Haplotipler, bir kromozomun belirli bir kısmının bir soyağacı boyunca izlenebilmesi veya değişik popülasyonlann karşılaştırılmasında, kromozom bölgelerinin işaretlenebilmeleri amacıyla kullanılmaktadırlar. Haplotipler popülasyon genetiği çalışmaları açısından, bir mutasyonun toplumda yeniden oluşup oluşmadığını anlayabilmemizin yanısıra, mutasyonlann orijinleri, dağılım ve evrimleri hakkında da değerli bilgiler sağladıklarından dolayı önemlidirler. Bir mutasyon belirli bir haplotiple birlikte seyrettiği zaman, haplotip analiziyle izlenmesi de mümkün olmaktadır. Haplotipler, ayrıca pek çok genetik bozuklukta doğum öncesi tamda, ve taşıyıcıların belirlenmesinde kullanılmaktadırlar. Türkiye'deki hastalarda Sistik Fibrosiz (CF) ile birlikte seyreden haplotiplerin araştırılmasına yönelik bu çalışma, hastalık haplotipleri üzerine Türkiye'deki ilk çalışmadır. Bu çalışma kapsamında 100 normal kromozom ve 161 CF mutasyonu taşıyan kromozom IVS6aGATT, IVS8CA, IVS17bTA ve IVS17bCA adlan verilen dört polimorfik genetik markör için analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda, Türkiye'deki CF hastalarında bulunan haplotiplerin çok fazla sayıda varyasyona sahip olduğu anlaşılmıştır. Çalışma, CFTR lokusunun ve mikrosatellit polimorfizimlerinin moleküler evriminin anlaşılmasına, haplotipler ve CF mutasyonlan arasındaki ilginin saptanmasına ve Anadolu popülasyonundaki mutasyonlann orijinlerinin belirlenmesine yeni bir bakış getirmek amacım taşımaktadır. Bu çalışmanın kapsamı içerisinde bulunmayan Türkiye'deki CF hastalannda mutasyon taraması tamamlandığında, çalışma sonucu elde edilen veriler, belirli mutasyonlarla haplotipler arasındaki ilişkinin saptanmasında kayda değer bir ilerleme sağlayacaktır.

Alleles observed at a certain locus are co-transmitted through a pedigree, and the pattern is designated as a haplotype. Haplotypes are useful in marking chromosomal segments which can be tracked through a pedigree or compared between populations. Haplotypes are important in population genetic studies, since they provide information on the origin, distribution and evolution of mutations, as well as on whether a mutation is recurrent or not. A mutation can also be traced when it is associated with a haplotype. In many genetic disorders, haplotypes are utilized in prenatal diagnosis and carrier detection. This study on the Cystic Fibrosis (CF) haplotypes in Turkish patients is the first work in Turkey on disease haplotypes. In the framework of this study, 100 normal and 161 CF chromosomes were analyzed by using four polymorphic genetic markers, namely IVS6aGATT, IVS8CA IVS17bTA and IVS17bCA The results of the study reveal the great variation in haplotypes of Turkish CF patients. The study aims to provide new insights into our understanding of the molecular evolution of the CFTR locus and of microsatellite polymorphisms, to determine the association of haplotypes with CF mutations, and to understand the origins of the mutations in the Anatolian population. The data will facilitate the determination of associations between specific mutations and haplotypes when the mutation screening is finished.