Phylogenetic supertree construction using constraint programming

Abstract

KISIT PROGRAMLAMA KULLANARAKSÜPERAĞAÇ OLUŞTURULMASIAlkım ÖzaygenBiyolojide filogenetik ağaç, canlılar arası bağlantıları göstermek için kullanılır. Evrimtarihi hakkında veri kodlamasıdır. Hayat Ağacı günümüzdeki çeşitliliğe ulaşmadaki evriminizlediği süreci gösterir ve birbirinden tamamen farklı yaşayan organizma soylarınınaraştırılmasında yardımcı olur.Bu tezde amaç Hayat Ağacının oluşturulmasında farklı bir yaklaşım sunmak. Kararverme problemleri ve optimizasyon problemlerine kısıt koşul programlama çözümüöneriyoruz, ki bunu da kısıt koşul sağlama problemleri şeklinde kodlayacağız.

PHYLOGENETIC SUPERTREE CONSTRUCTIONUSING CONSTRAINT PROGRAMMINGAlkım ÖzaygenIn biology, a phylogenetic tree, or phylogeny, is used to show the genealogicrelationships of living things. It is a codification of data about evolutionary history. The treeof life shows the path evolution took to get to the current diversity of life and can help usalso to search for the genealogy of disparate living organisms.In this thesis our aim is to provide a different approach for the construction of TheTree of Life. That is, we will propose a constraint programming solution to the decisionproblem of constructing a supertree that is compatible with a collection of givenphylogenetic trees that share some species, which we will encode as constraint satisfactionproblems.