Hastalık gen ilişki çalışmalarında kullanılan bayesçi yöntemlerin incelenmesi

Abstract

Genetik epidemiyoloji, hastalık ve genetik yapı arasındaki ilişkininincelendiği süreçtir. Bu süreçte hastalığın kalıtsal olup olmadığından başlanarak,kalıtsal olduğu düşünülen hastalıklar için çeşitli analizlerle hastalığa neden olangen(ler) bulunmaya çalışılır. Tek gen hastalıkları basit analizlerle bulunabilirkensöz konusu hastalıklar kompleks hastalıklar olduğunda analizler karmaşıklaşır.Hastalık gen ilişki çalışmaları, bağlantı analizini tamamlayıcı olarakyapılan analizlerdir. Bu analizler sayesinde hastalıkla genotipik ve alelik bazdailişki olup olmadığı test edilir. Lojistik regresyon analizi kullanılarak genotiplerinhastalığa olan etkisi araştırılır.Çalışmamızda, Bayesçi yöntemlerin hastalık gen ilişki çalışmalarındakullanımı, Bayesçi modelleri uygulayabilmek için Markov Zinciri Monte Carlo(MZMC) yöntemleri kullanılacaktır. Ayrıca, popülasyon genetiğinin temelprensiplerinden Hardy Weinberg dengesinin analize etkisi araştırılmıştır.Sonuç olarak önsel bilgi ve Hardy Weinberg dengesinin bulunupbulunmamasına göre lojistik regresyon, geriye dönük modeller, bayesçi lojistikregresyon sonuçları iki lokus için karşılaştırılmıştır. Değişik durumlarda geriyedönük modeller ve bayesçi lojistik regresyon arasında seçim yapılmasıönerilmiştir.Anahtar Sözcükler: Bayesçi, genetik epidemiyoloji, HW dengesi, İlişkianalizi, MZMC.

Genetic epidemiology is the process of analysing the association betweena disease and genetic components. In this process, first of all, it is determinedthat whether the disease is genetically inherited, then if the disease has geneticcomponent, disease predisposing/causing gene(s) are searched. The analysisof monogenic diseases are easier than that of complex diseases.Disease-gene association studies are complementary to linkage studies.By doing these studies, the association between the disease and the gene isanalyzed at both allelic and genotypic levels. Logistic regression analysis isused to determine the effect of genotype to the disease.In this study, the usage of bayesian methods in disease-gene associationstudies and the usage of MCMC techniques which makes possible to apply thebayesian models are shown. In addition, the effect of Hardy WeinbergEquilibrium, the basic principle of population genetics, is also included.As a result, depending on usage of prior knowledge and Hardy Weinbergequilibrium, logistic regression, retrospective models and bayesian logisticregression results are compared for two loci. Under different situations,retrospecive model or bayesian logistic regression should be preferred.Key Words: Bayesian, genetic epidemiology, HW equilibrium, asociationanalysis, MCMC.