Nested ve Non-Nested RT-PCR ile HCV-RNA'nın araştırılması

Abstract

ÖZET Bu çalışmada Şubat 1997- Ocak 1998 yılları arasında Gülhane Askeri Tıp Akademisi ve Askeri Tıp Fakültesi Gastroenteroloji ve İnfeksiyon Hastalıkları klinikleri tarafından HCV hepatiti şüphesi ile gönderilen 50 hasta serumunda HCV- RNA'sı iki farklı RT-PCR yöntemiyle araştırıldı. Olguların tamamı Hepatit B virüs markırları dahil diğer viral nedenlerle, toksik.metabolik ya da otoimmün etyolojinin ekarte edildiği olgulardı. Yaş ortalaması 39 (11-66) olan hastaların 22'si kadın, 28' i erkekti ve tümünde anti-HCV antikorları pozitifti. HCV-RNA varlığını araştırmak amacıyla uygulanan nested-RT-PCR yöntemiyle 50 hastanın 31 (%62)'inin serum örneğinde HCV-RNA'sı pozitif bulunurken, bu oran non-nested-RT-PCR yöntemiyle 25 (%50) olarak bulunmuştur. Kontrol grubunu oluşturan 40 sağlıklı bireyin hiçbirisinde her iki PCR yöntemiyle HCV-RNA pozitifliği gösterilemedi. Nested'a göre daha ucuza mal olan ve daha pratik olarak uygulanan, ayrıca kontaminasyondan hayli uzak olan non-nested yöntemin duyarlılığını daha düşük bulduk (%74). Duyarlılığın düşük olması nedeniyle non-nested yöntemin rutinde tek başına kullanılmasının yeterli olmayacağı, ancak Southern veya radyoaktif oligonukleotid problarla sıvı hibridizasyon gibi ilave tekniklerle duyarlılığın artırılabileceği sonucuna varıldı.

SUMMARY In the period between February 1997 and January 1998, HCV-RNA was investigated in sera of fifty patients, from those examined and suspected to have hepatitis due to HCV in Gastroenterology and Infections Diseases Clinics at Gülhane Military Medical Academy and School of medicine, using two different RT- PCR methods. In all of the patients, the other possible aetiologies including HBV and other viral agents, toxic, metabolic or otoimmun pathologies were excluded. Anti-HCV antibodies were found to be positive in sera of all patients. The mean age of the patients was 39 (1 1-66) years and 28 out of 50 patients was male. By using nested-RT-PCR and non-nested-RT-PCR methods, HCV-RNA was found to be positive in 31 (62%) and in 25 (50%) out of 50 patients, respectively. In control group,HCV-RNA was found to be negative in sera of fourty (all) healthy individuals by both PCR methods. Although the non-nested-RT-PCR method was cheaper, more practical and has low contamination rate than nested method, we found its sensitivity relatively low (74%). Due to this low sensitivity rate, it was concluded that the routine use of non-nested-RT-PCR alone was not suitable. By additional methods such as Southern blot or liquid hibridisation, the non-nested-RT-PCR might be more valuable tool. 44