Identification and docking analysis of allatostatin receptor in Carausius morosus

Abstract

Allatostatin reseptorleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) boceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda gorev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayalyontemler tek-molekul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM bolgesindeki bilgiye gore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve boceklerdeki Allatostatin reseptoru tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili reseptore bu projede C. morosus Allatostatin C reseptoru (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da gosterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl hucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg hucrelerde baglanma kuvvetleri olculebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve ucuncuhucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger bocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi gosterebilecek, ucuncuhucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.

Allatostatin reseptorleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) boceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda gorev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayalyontemler tek-molekul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM bolgesindeki bilgiye gore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve boceklerdeki Allatostatin reseptoru tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili reseptore bu projede C. morosus Allatostatin C reseptoru (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da gosterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl hucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg hucrelerde baglanma kuvvetleri olculebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve ucuncuhucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger bocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi gosterebilecek, ucuncuhucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.