Meme kanserinin hormonal tedavisinde östrojen reseptör modülatörlerinin etkisinin kuantum mekanik hesaplamalar ve moleküler kenetleme kullanılarak incelenmesi

Abstract

Bu tezde Seçici Östrojen Reseptör Modülatör (SERM) moleküllerinin reaktif doğaları kuantum mekanik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Kuantum mekanik hesaplamalar DFT/M06-2X seviyesinde Stuttgart/Dresden ECP (SDD) baz seti ile yapıldı. Hesaplanan özellikler Elektrostatik Potansiyel Yüzeyi (ESP), yük dağılımları, elektrofilik ve nükleofilik bölgeler, dipol moment, ortalama polarlık, polarlık anizotropisi, hiperpolarlık, sınır moleküler orbitaller arası geçişlerde elektron yoğunluğu değişim haritaları, elektronegativite, kimyasal sertlik ve yumuşaklıkları içermektedir. Yapı aktivite ilişkilerini (SAR) ortaya koyan FSP3, Topolojik polar yüzey alanları LogP ve LogS değerleri de hesaplandı.SERM'lerin Östrojen Reseptörü (ER-) ile moleküler kenetleme durumları modellenmiş ve kenetleme bölgesindeki etkileşimleri analiz edilmiştir. Er-'nın aktif ve inaktif formlarına östrojen ve SERM'lerin kenetlenme durumlarına bağlı olarak SERM'lerin agonist/antagonist karakterleri analiz edilmiştir. Hiyerarşik gruplama yöntemi kullanılarak etken maddeler reseptör ile bağlanma bölgesinde etkileşmelerindeki benzerliğe göre gruplanmıştır.Son olarak kantitatif yapı-aktivite ilişkileri (QSAR) kullanılarak SERM'lerin toksik özellikleri belirlenmiştir.

In this thesis, the reactive nature of Selective Estrogen Receptor Modulator (SERM) molecules has been analyzed using quantum mechanical methods. Quantum mechanical calculations were performed at DFT / M06-2X level with Stuttgart / Dresden ECP (SDD) basis set. Calculated properties include Electrostatic Potential Surface (ESP), charge distributions, electrophilic and nucleophilic regions, dipole moment, average polarity, polarity anisotropy, hyperpolarizability, electron density difference maps at boundary molecular orbital transitions, electronegativity, chemical hardness, and softness. FSP3, Topological polar surface areas, LogP and LogS values, which reveal structure activity relationships (SAR), were also calculated.The molecular docking modes of SERMs with Estrogen Receptor (ER-) were modeled, and their interactions in the docking region were analyzed. The agonist/antagonist characteristics of SERMs were analyzed depending on the docking modes of estrogen and SERMs to the active and inactive forms of Er-. Using the hierarchical grouping method, active molecules were grouped according to the similarity in their interactions with the receptor in the binding site.Finally, using quantitative structure-activity relationships (QSAR), the toxic properties of SERMs were determined.