Ricania simulans'ta kitin sentaz 1 geninin transkriptom analizi

Abstract

Amaç: Ülkemizin Karadeniz Bölgesi'nde özellikle ekonomik öneme sahip bitkisel ürünlerde ciddi kayıplara neden olan Ricania simulans'a yönelik etkinliği yüksek biyolojik mücadelede bulunabilme yöntemlerinden biri genetik susturma olarak öne çıkmaktadır. Bu nedenle canlının büyümesine engel olmak için sekans bilgisine ve kitin sentaz 1 geninin moleküler dizilimine ihtiyaç bulunmaktadır. Bu çalışmada Ricania simulans'ın yumurta, nimf ve ergin dönemlerinde transkriptom verilerinin elde edilmesi ve Kitin Sentaz 1 geninin moleküler diziliminin ortaya konması ve ekspresyon çalışmaları ile doğrulanması amaçlanmıştır.Yöntem: Yumurta, nimf ve ergin evrelerdeki Ricania simulans örneklerinden Total RNA izolasyonu yapılmıştır. Örnekler üzerinde RNA-seq transkriptom analizi yapılmıştır. Biyoinformatik araçlar kullanılarak örnek kalitesi, okuma kalitesi, farklı gen ekspresyonlarının belirlenmesi, ısı haritalarının çıkarılması gibi analizler yapılmıştır. Daha sonra kitin sentaz 1 gen ekspresyonu için real time çalışmaları yapılmıştır. Bulgular: Ricania simulans'ın yumurta, nimf, ergin evre örnekleri için RNA-seq transkriptom analizi yapılmıştır ve 509137 sekans sayısı, 370106677 total uzunluk, en uzun sekans 35193 nt, en kısa sekans 178 nt, ortalama sekans uzunluğu 727 nt, %35.27 GC içeriği, %32.36 Adenin, %32.27 Timin, %17.50 Guanin, %17.77 Sitozin verileri elde edilmiştir. Kitin sentaz 1 genine yönelik sekans verisi elde edilmiştir ve Real Time PCR çalışmaları ile ekspresyon doğrulaması yapılmıştır.Sonuç: Kitin sentaz 1 geninin canlının nimf ve ergin evresinde eksprese olduğu ortaya konarak genetik susturma çalışmalarında hedef gen olarak kullanım potansiyeli oluşturulmuştur.Anahtar Kelimeler: Ricania simulans, Transkriptom analizi, Kitin sentaz 1 geni

Purpose: Genetic silencing stands out as one of the methods of biological control with high efficiency against Ricania simulans, which causes serious losses in especially economically important plant products in the Black Sea Region of our country. For this reason, sequence information and the molecular sequence of the chitin synthase 1 gene are needed to prevent the growth of the living thing. In this study, it was aimed to obtain transcriptome data in the egg, nymph and adult stages of Ricania simulans and to reveal the molecular sequence of the Chitin Synthase 1 gene and to verify it with expression studies. Method: Total RNA was isolated from egg, nymph and adult stage samples of Ricania simulans. RNA-seq transcriptome analysis was performed on the samples. Analyzes such as sample quality, reading quality, determination of different gene expressions, and heatmaps were performed using bioinformatic tools. Then, real-time studies were performed for chitinsynthase 1 gene expression.Findings: RNA-seq transcriptome analysis was performed for egg, nymph and adult stage samples of Ricania simulans and sequence number of 509137, total length of 370106677, longest sequence 35193 nt, shortest sequence 178 nt, mean sequence length 727 nt, 35.27% GC content, 32.36% Adenine, 32.27% Thymine, 17.50% Guanine, 17.77% Cytosine data were obtained. Sequence data for the chitin synthase 1 gene were obtained and expression confirmation was performed by Real Time PCR studies.Results: By demonstrating that the chitin synthase 1 gene is expressed in the nymph and adult stages of the organism, the potential for use as a target gene in genetic silencing studies has been established.Keywords: Ricania simulans, Analysis of transcriptome, Chitin synthase 1 gene