Determination of lichenized fungal mycota of Gokceada (Çanakkale , Turkey) by the aid of DNA barcoding methods

Abstract

Çanakkale (Gökçeada)'den toplanan liken örnekleri öncelikle morfolojik, anatomik ve ekolojik özellikleri göz önüne alınarak değerlendirildi. Bu örneklerden bazılarının ITS gen bölgeleri analiz edildi, filogenetik ağaçlar kuruldu. Türlerin lokalite ve ekoloji bilgileri, deskripsiyonları belirlendi. Bu çalışma sonucunda arazi bölgesinden toplam 40 likenleşmiş mantar türü belirlenmiştir. Moleküler incelemeler PZR yardımıyla ITS primeri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sekans analizleri ile ilgili bölgeler incelenmiştir. ITS sekansları için filogenetik analizler ve dendogramlar, çalışılan örnekler ve gen bankasından alınan örneklerle birlikte yapılmıştır. Filogenetik analizler Neighbour joining (NJ) metodu ile gerçekleştirilmiştir. Bu doktora tezi kapsamında yapılan çalışmalar sonucunda, Polyozosia schofieldii (Brodo) S.Y. Kondr., Lőkös & Farkas, Rhizocarpon atroflavescens Lyngv ve Toninia talparum Timdal türleri Türkiye'den ilk kez rapor edildi. Circinaria mansourii (Sohrabi) Sohrabi ve Lecidella flavosorediata (Vězda) Hertel & Leuckert türleri de ikinci kez Türkiye'den rapor edilmiştir. Bu tez çalışması Gökçeada'nın (Çanakkale) liken biyoçeşitliliğinin ortaya çıkartılmasına yardımcı olacaktır.

Lichen samples collected from Gökçeada (Çanakkale) were evaluated primarily by considering their morphological, anatomical and ecological characteristics. ITS gene regions of some of these samples were analyzed and phylogenetic trees were established. The locality and ecology information and descriptions of the species were determined. As a result of this study, a total of 40 lichenified fungi species were determined from the study area. Molecular analyzes were performed using ITS primer with the help of PCR. Regions related to sequence analysis were examined. Phylogenetic analyzes and dendograms for ITS sequences were performed with studied samples and samples from the gene bank. Phylogenetic analyzes were performed using the Neighbor joining (NJ) method. As a result of the studies carried out within the scope of this doctoral thesis, Polyozosia schofieldii (Brodo) S.Y. Kondr., Lőkös & Farkas, Rhizocarpon atroflavescens Lyngv and Toninia talparum Timdal species were also reported from Turkey for the first time. Circinaria mansourii (Sohrabi) Sohrabi and Lecidella flavosorediata (Vězda) Hertel & Leuckert species were also reported from Turkey for the second time. This thesis will help to reveal the lichen biodiversity of Gökçeada (Çanakkale).