Browsing TEZLER by Subject "Gaussian network model"

Now showing items 1-8 of 8

    • A Theoretical approach to the wear and tear mechanism in triosephosphate isomerase 

      Konuklar, Fethiye Aylin (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET TRIOZFOSFAT ISOMERAZDAKİ YIPRANMA VE YIRTILMA MEKANİZMASINA TEORİK BİR YAKLAŞIM Deamidasyon mekanizması proteinlerin yaşam sürelerini kısaltan ve kendiliğinden oluşan bir tepkimedir. Deamidasyon tepkimeleri proteinlerin ...

    • Computational modeling and analysis of the dynamic behavior of proteins 

      Temiz, Nuri Alpay (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET PROTEİNLERİN DİNAMİĞİNİN BİLGİSAYAR DESTEKLİ MODELLENMESİ VE ANALİZİ Proteinlerin dinamiğinin anlaşılması, yapı-fonksiyon ilişkisinin açığa çıkarılmasında büyük önem taşımaktadır. Bu tezde amaç, yapısal bazlı analitik ...

    • Dynamics of protein-DNA complexes examined by Gaussian network model 

      Gerek, Zeynep Nevin (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET Protein ve DNA arasındaki etkileşimlerin moleküler düzeyde anlaşılması amacı ile son yıllarda proteinler için geliştirilen Gaussian Ağ Modeli (GNM) kullanılarak, trp represörü olarak bilinen proteinin DNA operatörü ...

    • Functional motions of influenza virus: A gaussian network model analysis 

      Işin, Başak (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET İNFLUENZA VİRÜSÜ HEMAGLUTİNİNİN İŞLEVSEL HAREKETLERİ: GAUSSİAN AĞYAPI MODELİ ANALİZİ Biyomoleküler yapıların dinamik özelliklerini incelemek için, doğal konformasyonlarındaki atomik koordinatlarına dayanan Gaussian ...

    • Molecular mechanics of immunoglobulins predictions from a structure-based analytical approach 

      Kirca, Gül Şafak (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET İMUNOGLOBULİNLERİN MOLEKÜLER MEKANİĞİ. YAPISAL BAZLI ANALİTİK YAKLAŞIMLA TAHMİNLER İmunoglobulinler, kendi yapılarından gelen bölgesel esnekliklerden dolayı, geniş bir konformasyon dağılımına sahip hareketli ...

    • Native state dynamics and recognition/bending processes in globular proteins 

      Kurt, Neşe (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      ÖZET GLOBÜLER PROTEİNLERDE DOĞAL HAL DİNAMİĞİ VE TANIMA/BAĞLANMA SÜREÇLERİ Proteinlerin dinamik davranışlarının ve diğer moleküllerle fiziksel etkileşimlerinin belirlenmesi, biyolojik süreçler hakkında bilgi edinmek açısından ...

    • Recognition and binding processes in HIV-1 protease 

      Özer, Asuman Nevra (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      HIV-1 proteazın moleküler tanıma mekanizmasının anlaşılması, AIDS ilaçlarının geliştirilmesi icin önemlidir. Bu çalışmada kullanılan hesapsal yöntemler, HIV-1 proteaz bileşik yapılarındaki tanıma ve bağlanma süreçlerini ...

    • Study of protein-protein interfaces using Gaussian network model 

      Soner, Seren (BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ/Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018-08-06)
      Arayüz tipleri, proteinlerin fonksiyonlarını gerçekleştirme mekanizmalarını anlamakta kullanışlıdırlar. Arayüz tipi zorunlu, zorunlu olmayan, veya kristal (biyolojik olmayan) şeklinde sınıflandırılır. Önceki araştırmalarda ...