Search
Now showing items 1-10 of 14
Effects of protonation states of catalytically important residues and active site water molecules on (PTP1B) conformation
(2018-08-06)
Tirosin Fosfataz 1B (PTP1B) enzimi, fosfotirozinden fosfat grubunu kopararak, normal hücrenin çoğalmasında, farklılaşmasında ve metabolizmasında kritik bir rol oynar. PTP1B'nin substrat bağlı ve bağlı olmayan yapıları ...
A computational approach for analysis of communication in proteins
(2018-08-06)
Allostery and communication in proteins are crucial for the regulation of proteinfunctions. The binding of a ligand changes the affinity of the protein at a distal ligand bindingsite and leads to conformational changes ...
Effect of temperature on collective dynamics of proteins: A time series analysis
(2018-08-06)
Moleküler Dinamik simülasyonları proteinlerin iç hareketlerini analiz etmek için kullanılır. Bu tezde, dihidrofolat redüktazın (DHFR) apo formunun ve triozfosfat izomerazın (TIM) hem apo hem de holo formlarının moleküler ...
A study on protein and DNA analysis by capillary electrophoresis
(2018-08-06)
ÖZET Bu çalışmada, bazı proteinler için bir kapiler elektroforez metodu geliştirmek amacıyla, sığır albumini, insan serum proteinleri, Taql, EcoRİ, Pstl restriksiyon enzimleri ve polimeraz zincir reaksiyonlanyla amplifiye ...
Identification of ptp1b dynamics using frequency response analysis
(2018-08-06)
Protein Tirosin Fosfataz 1B (PTP1B) enzimi insülin ve leptin sinyal ileti sisteminde negatif düzenleyici bir görevi olması sebebi ile akıllı bir ilaç tasarımı hedefidir. Ligand bağlanmasıyla PTP1B yapısındaki WPD halkasında ...
Determination of protein structures using distance constraints
(2018-08-06)
30 residüden oluşan bir protein zincirine değişik kısıtlamalar koyarak, orijinali polimerler için geliştirilmiş olan kooperatif kinematik (CK) modeli uygulanmıştır. Amaç proteine konulan uzaklık kısıtlamalarının yerinin ...
Computer-aided characterization of proteins and anticancer agents
(2018-08-06)
ÖZET Moleküler biyolojideki gelişmeler, biyolojik sistemlerin ve hastalıkların analizinde yeni yaklaşımlar ortaya koymuştur. Biyomoleküler sistemlerin denge ve fonksiyon temellerini incelemek amacı ile bilgisayar destekli ...
Simulation of protein structure by a simplified model: Application to the rop dimer
(2018-08-06)
Bu tezde Rop adlı dimerik proteinin üç boyutlu doğal yapısının amino-asit dizilerinden yola çıkarak tahmini gerçekleştirilmiştir. Rop, plazmidler tarafından kodlanan, RNA'ye bağlı ufak bir proteindir ve plazmid ...
Study of protein-protein interfaces using Gaussian network model
(2018-08-06)
Arayüz tipleri, proteinlerin fonksiyonlarını gerçekleştirme mekanizmalarını anlamakta kullanışlıdırlar. Arayüz tipi zorunlu, zorunlu olmayan, veya kristal (biyolojik olmayan) şeklinde sınıflandırılır. Önceki araştırmalarda ...
Dynamics of protein-DNA complexes examined by Gaussian network model
(2018-08-06)
ÖZET Protein ve DNA arasındaki etkileşimlerin moleküler düzeyde anlaşılması amacı ile son yıllarda proteinler için geliştirilen Gaussian Ağ Modeli (GNM) kullanılarak, trp represörü olarak bilinen proteinin DNA operatörü ...