Determination of genetic relations among tomato genotypes with issrs molecular markers in Sulaymaniyah region

Abstract

Çalışmanın amacı Süleymaniye bölgesinde yetiştirilen 32 domates (Solanum lycopersicon L.) genotipi arasındaki genetik çeşitliliğin ISSR moleküler tekniği kullanarak belirlemektir. Çalışma Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü'nde yürütülmüştür. Yerel domates genotipleri arasındaki ilişkiyi belirlemek için 18 primer kullanılmış ve bu primerlerin genetik ilişkiyi belirlemede etkili olduğu belirlenmiştir. ISSR primerlerinin sonuçları, 15 primerden 65 amplifikasyon oluştuğunu ve bu amplifikasyonların 50'sinin polimorfik olduğunu ortaya çıkarmıştır. Benzerlik matriksi polimorfik bant varlığın bağlı olarak Jaccard benzerlik katsayısı ile hesaplanmış ve UPGMA yöntemine göre kümeleme analizi ile dendogram elde edilmiştir. Dendogramda 3 temel grup oluştuğu belirlenmiştir. Genotipler arasındaki genetik benzerlik (GS) katsayıları 0.261 ile 0.941 arasında değişiklik göstermiştir. En yüksek benzerlik 0.941benzerlik katsayısı ile G7 ve G16 genotipleri arasında olurken, en düşük benzerlik 0.261 ile G15-G24 ve G15-G26 arasında bulunmuştur. Polimorfizmi belirlemek için kullanılan 15 ISSR primeri % 50-100 arasında polimorfizm oranına sahip olmuş ve ortalama polimorfizm oranının % 75.61 olduğu belirlenmiştir. Genel olarak ISSR primerlerinde yüksek oranda polimorfizm belirlenmiş, 3F, Sola5 ve Sola12 primerlerinde amplifikasyon oluşmazken en yüksek oranı % 100 ile ISSR6 ve Sola 11 vermiştir. ISSR primerlerinin PIC değeri ortalaması 0.50 olarak tespit edilmiştir. ISSR yönteminin Süleymaniye'nin farklı bölgelerinden toplanmış domates genotipleri arasındaki genetik çeşitliliği tanımlamada etkili olduğu belirlenmiştir.

The goal of this study was to investigate the genetic variation among thirty two tomato genotypes (Solanum lycopersicon L.) grown in Sulaymaniyah using ISSR molecular markers technique. This work was carried out in the Yuzuncu Yil University, Agriculture Faculty, Agricultural Biotechnology Department. Eighteen markers were used to estimate the polymorphism among the local tomato genotypes and were discovered to be a useful tool for genotypes identification. The results of ISSR markers, revealed 65 amplified fragments, 50 of them were polymorphic from using 15 primers. The similarity matrix was computed by using Jaccard similarity coefficients, based on polymorphic bands and dendogram established through UPGMA cluster analysis. The dendogram revealed 3 main groups. Genetic similarity (GS) ranged from 0.261 to 0.941 within studied genotypes. The highest similarity was 0.941 for the genotype pairs G7 and G16. However, the lowest similarity index was 0.261 between G15-G24 and G15-G26. Fifteen ISSR markers used to detect DNA polymorphism gave polymorphism percentage for each primer range between 50–100% with a average polymorphism percentage reaching 75.61%. In general ISSR markers could detect high polymorphism, primer ISSR6 and Sola 11 gave the highest polymorphism percentage were 100%, while primer 3F, Sola 5 and Sola 12 did not give any amplification. The mean of PIC (Polymorphic Information Content) value was 0.50 for ISSR markers. The ISSR technology proved useful in describing genetic diversity among tomato genotypes was collected from different geographical around Sulaymaniyah province.