Tokat ili patates üretim alanlarında görülen bazı viral etmenlerin belirlenmesi

Abstract

Tokat ilinde yürütülen bu çalışmada patates üretiminin yoğun olarak yapıldığı Merkez, Niksar, Erbaa, Başçiftlik ve Artova ilçelerindeki patates üretim alanlarında virüs belirtisi gösteren patates bitkilerinin yapraklarından ve yumrularından örnekler toplanmıştır. Toplanan 418 yaprak ve 91 yumru örneği Potato virus Y (PVY), Potato virus S (PVS), Potato virus X (PVX) ve Potato leafroll virus (PLRV) virüslerinin varlığını tespit etmek amacıyla, virüslere spesifik primerler kullanılarak moleküler bir yöntem olan RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Test edilen 418 tane yaprak örneğinin 220'sinde (%52.63), 91 tane yumru örneğinin ise 68'inde (%74.72) bir veya birden fazla virüs tespit edilmiştir. Toplam 418 adet bitki örneğinin 197'si PVY (%47.12), 70'i PVS (%16.74), 25'i PVX (%5.98), 22'si ise PLRV (%5.26) ile enfekteli bulunmuştur. Çimlendirilen 91 adet yumrunun 67'si PVY (%73.62), 6'sı PVS (%6.59) ve 1'i ise PLRV (%1.09) ile enfekteli olarak tespit edilmiştir. Tokat Merkez ve ilçelerinden toplanan bitki ve yumru örneklerinde en yaygın görülen virüsün PVY olduğu ve bunu PVS' nin izlediği belirlenmiştir. PVX ve PLRV virüs etmenlerinin ise az sayıda bulunduğu saptanmıştır. En yaygın çoklu enfeksiyon PVY + PVS olarak bulunmuştur. Testlemeler sonucunda pozitif sonuç alınan izolatlarla biyolojik indeksleme çalışmaları yapılmıştır. Bazı pozitif izolatların sekans analizleri soucunda elde edilen veriler gen bankasına kayıtlı izolatlarla karşılaştırılması yapılarak filogenetik analizleri yapılmıştır.

In the scope of present study, potato leaves and tuber samples, showing virus like symtoms, were collected from potato production areas in Centrum, Niksar, Erbaa, Başçiftlik and Artova districts of Tokat. Total 418 leaves and 91 tuber samples were tested with two step polymerase chain reaction (PCR) using virus-specific primers to Potato virus Y (PVY), Potato virus S (PVS), Potato virus X (PVX), Potato leafroll virus (PLRV). Single or dual infections of these viruses have been determined in 220 (%52.63) leaves samples and 68 (%74.72) tubers samples. 197 (%47.12) out of 418 leaves samples were infected with PVY, 70 out of 418 samples with PVS (%16.74), 25 of samples with PVX (%5.98) and 22 of samples with PLRV (%5.26). 67 (%73.62) out of 91 tubers samples tested resulted with positive with PVY, 6 out of 91 samples with PVS (%6.59) and 1 of samples with PLRV (%1.09). Sequence analysis of some pozitif isolates was obtained and compared with isolates which recorded in Genbank for phylogenetic analysis tree.