HIV-1`e karşı direnç sağlayan CCR-5Δ32, CCR2-64I ve SDF1-3`A Allellerinin türk popülasyonundaki dağılımı

Abstract

İnsan immün yetmezlik virüsü HIV-1'in neden olduğu AIDS tüm dünyada hızla yayılmaya devam etmektedir. Yapılan tüm çalışmalara rağmen virüsü tamamen yok edecek bir tedavi bulunamamıştır. HIV-1 virüsü genetik yapısını değiştirme yeteneğine sahip olduğu için virüse karşı geliştirilen aşıların tamamı başarısız olmuştur. Bununla birlikte CCR5, CCR2 ve SDF1 genlerinde meydana gelen CCR5-Δ32, CCR2-64I ve SDF1-3'A genetik polimorfizmlerinin HIV enfeksiyonuna karşı koruyucu ve AIDS progresyonunu yavaşlatıcı bir etki sağladıkları gösterilmiştir.Bu çalışmada, Sinop bölgesinden 205 sağlıklı gönüllü bireye ait kan örneklerinden tuzla çöktürme metodu ile elde edilen genomik DNA'lar PCR ve PCR-RFLP yöntemleriyle incelenmiştir. CCR5-Δ32, CCR2-64I ve SDF1-3'A polimorfizmlerinin allel frekansları hesaplanarak Türk popülasyonunun HIV/AIDS'e karşı genetik yatkınlığı değerlendirilmiştir. Popülasyonda bu genlerin allel sıklıkları CCR5-Δ32, CCR2-64I ve SDF1-3'A için sırasıyla %3.17, %17.80 ve %27.07 olarak bulunmuştur ve gözlenen genotip sıklıkları Hardy-Weinberg dengesiyle uyumludur. CCR5-Δ32 allel sıklığı Avrupa ülkeleriyle karşılaştırıldığında nispeten daha düşük olmakla birlikte Asya ve Afrika ülkelerindeki sıklıktan daha yüksektir. CCR2-64I ve SDF1-3'A allel sıklıkları farklı kıtalardaki birçok ülke ve etnik grupla paralellik göstermektedir. Araştırılan polimorfizmin allel sıklıkları komşu ülkeler Yunanistan, Girit, Kıbrıs Yunanlıları ve Bulgaristan ile benzerdir.Tıp dünyası bireysel genetik yapıya göre teşhis ve tedavi yöntemleri uygulamalarına ağırlık vermeye başlamıştır. Genetik polimorfizmlerin araştırılması Türk popülasyonunda HIV-1 enfeksiyonuna karşı yüksek risk taşıyan bireylerin belirlemesi ve HAART tedavisinin gelecekteki bireyselleşmesini etkileyebilme potansiyeli açısından önem taşımaktadır.

AIDS caused by Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) has continued to spread rapidly throughout the world. Despite all conducted studies, no treatment that can eradicate the HIV virus completely has been found. All of the vaccines developed against the virus failed since the virus is capable of changing its genetic structure. Besides, it has been shown that CCR5-Δ32, CCR2-64I, and SDF1-3'A genetic polymorphisms occurring on CCR5, CCR2, and SDF1 genes in human respectively provide effects that confer resistance to HIV infection and decelerate the progression of AIDS.In this study, genomic DNAs obtained from blood samples with salting-out method from 205 healthy volunteers of Sinop province were investigated by PCR and PCR-RFLP methods. The genetic liability of Turkish population was evaluated by calculating the allele frequencies of CCR5-Δ32, CCR2-64 and SDF1-3'A polymorphisms. Allele frequencies of these genes in the population were found as 3.17%, 17.80% and 27.07% respectively for CCR5-Δ32, CCR2-64I and SDF1-3'A and all the observed genotype frequencies were in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium. CCR5-Δ32 allele frequency is relatively lower compared to European countries but higher compared to Asian and African countries. CCR2-64I and SDF1-3'A allele frequencies coincide with many countries and ethnicities in different continents. Allele frequencies of three polymorphisms investigated are similar with neighbour countries Greece, Crete, Greek Cypriots, and Bulgaria.The medical world has begun to focus on the diagnosis and treatment applications based on the individual genetic structure. Investigation of genetic polymorphisms is important in terms of identifying high-risk individuals for HIV-1 infection in Turkish population and potential of future individualization of HAART therapy.