Rhizoctonia solani ve binükleat Rhizoctonia anastomosis grupları arasındaki filogenetik ilişkilerin 18S rDNA dizi analizi ile belirlenmesi

Abstract

Bu çalışmada, multinükleat ve binükleat Rhizoctonia spp. anastomoz grupları ve intraspesifik gruplar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlemesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, dünyanın farklı bölgelerinden izole edilmiş olan, 45 Rhizoctonia spp. temsilci izolatı kullanılmıştır. Temsilci izolatların 18S rDNA baz dizileri belirlenmiş ve filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu amaçla, 18S rDNA bölgesinin amplifikasyon ve dizi analizi için oligonükleotit primerler NS1, NS3, NS4 ve NS8 kullanılmıştır. Filogenetik analizler ise, PAUP V. 40b10 programında maksimum parsimoni ve neighbour joining algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.Evrimsel olarak korunmuş olması sebebiyle 18S rDNA, Rhizoctonia spp.'deki genetik çeşitliliğin anlaşılması için önemli bir bilgi kaynağıdır.Bu gruptaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde daha önce ITS ve 28S rDNA dizileri kullanılmıştır. Bu çalışmada, ilk defa 18S rDNA dizisinin tamamı kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.Elde edilen sonuçlar, geleneksel anastomoz grubu sınıflandırmasını büyük ölçüde desteklemektedir. Fakat binükleat AG Fa, AG Fb ve AG I izolatlarının filogenetik açıdan multinükleat Rhizoctonia izolatları ile daha yakın ilişkili olduğu ve belirli anastomoz gruplarının monofiletik olmadıkları gözlenmiştir.

In this study, we aimed to determine phylogenetic relationships in different anastomosis groups and intraspecific groups of multinucleate and binucleate Rhizoctonia spp.For this purpose, 45 representative isolates of multinucleate and binucleate Rhizoctonia were used. We determined the base sequences of 18S rDNA and performed the phylogenetic analysis. The oligonucleotide primers NS1, NS3, NS4 and NS8 were used for amplification and sequencing of the small subunit 18S rDNA region. The phylogenetic analysis was performed using the maximum parsimony and neighbour joining algorithm in PAUP v. 4.0b10.This region was found to be more conserved and informative for understanding genetic diversity in Rhizoctonia.In this group, the phylogenetic relationships studied with ITS ve 28S sequences earlier, were firstly assessed with the full 18S rDNA sequence data.Our results supported the classic anastomosis groups classification. But it seemed that, BN AG Fa, AG Fb and AG I isolates were more closer to multinucleate Rhizoctonia spp. isolates and certain AGs are not monophyletic.