Doğu akdeniz bölgesi zeytin bahçelerindeki virüslerin yaygınlığının RT-PCR ile belirlenmesi ve karakterizasyonu

Abstract

Doğu Akdeniz Bölgesi'nde yer alan Hatay, Adana, Osmaniye, İçel ve Kahramanmaraş illerindeki ticari bahçeler, kamuya ait ve özel fidanlıklardan toplam 431 zeytin ağacından sürgün örnekleri alınmış ve alınan örnekler Olive latent-1 virus (OLV-1, Zeytin latent-1 virüs), Olive latent-2 virus (OLV-2, Zeytin latent-2 virüsü) , Cherry leaf roll virus (CLRV, Çilek yaprak kıvrılma virüsü), Arabis mosaic virus (ArMV, Arabis mozayik virüs), Strawberry latent ringspot virus (SLRSV, Çilek latent halkalı leke virüsü), Olive latent ringspot virus (OLRSV, Zeytin latent halkalı leke virüsü), Cucumber mosaic virus (CMV, Hıyar mozayik virüsü), Olive leaf yellowing-associated virus (OLYaV, Zeytin yaprak sararması ile ilişkili virüs)'lerine karşı Revers transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile test edilmiştir ve tespit edilen virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonu yapılmıştır.Test edilen örneklerden Hatay/Altınözü'ünde iki zeytin ağacı OLV-1 ile enfekteli olarak bulunmuştur. Ayrıca Hatay ilinde 25, Adana'da 7, Osmaniye'de 5 ve İçel'de 1 ağaç CMV ile enfekteli olarak tespit edilmiştir.Tespit edilen OLV-1 izolatlarının kısmi baz dizileri gen bankasındaki diğer izolatların baz dizileri ile karşılaştırılmış ve %99 oranında turunçgilden elde edilen OLV-1 izolatına, %94 oranında lale ve %95 oranında zeytin izolatlarının benzerlik gösterdiği saptanmıştır.Bu çalışma zeytinlerde yaygın olarak bulunan ve genellikle simptom göstermeyen 8 önemli virüse karşı RT-PCR testleri uygulanarak ülkemizde yapılan ilk özgün çalışmadır.

Totally 431 plant samples from olive trees were collected from commercial orchards and nurseries belong to government or private from provinces of Hatay, Adana, Osmaniye, İçel ve Kahramanmaraş in the Eastern Mediterranean Region. Collected samples were tested by Reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) against to Strawberry latent ringspot virus (SLRSV), Cherry leaf roll virus (CLRV), Arabis mosaic virus (ArMV), Olive latent virus (OLV-1), Olive latent-2 virus (OLV-2), Cucumber mosaic virus (CMV), Olive leaf yellowing associated virus (OLYaV), Olive latent ringspot virus (OLRSV) and the detected viruses were characterized.Two olive trees were found OLV-1 infected in Hatay/Altınözü. Twenty five trees from Hatay, seven trees from Adana, five trees from Osmaniye and one tree from İçel were detected as infected by CMV.The detected OLV-1 isolates were compared with the isolates from gen bank and they found 99% similar to citrus isolate, 945 and 95% to tulip and olive isolates, respectively.Present study, is the first specific research of the application of RT-PCR test to 8 satisfactory viruses prevalent and symptomless.