Biochemical and molecular characterization of extracellular enzyme producing staphylococci isolated from different origins

Abstract

Adı-Soyadı: Sıla APPAKOkul: zmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüAnabilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve GenetikProgramı: Meleküler Biyoloji ve Genetik (Yüksek Lisans)Tez Ba lı ı: Farklı Kaynaklardan zole Edilen Ekstra Selüler Enzim ÜretenStafilokokların Biyokimyasal ve Moleküler KarakterizasyonuÖZETStafilokoklar insanlar da dahil olmak üzere birçok organizmada hastalıkyapan bakterilerdir. ki türü Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidisinsan hastalıklarında oldukça iyi bilinmelerine kar ın hastalık yapma mekanizmalarıtam olarak anla ılamamı tır. Bu bakteriler topraktan, sudan, havadan ve canlılardanizole edilebilen hem patojenik hem de saprofitik bakterilerdir. Organizmalardan eldeedilen ekstrasellüler enzimler endüstriyel amaçlarla kullanılmaktadır. Bioteknolojidebu enzimlerin izolasyon ve karakterizasyonları önemli basamaklardır. Bakterilerdenelde edilen ekstrasellüler enzimler endüstride birçok amaç için kullanılmaktadır. Buprojede 128 Staphylococcus sp. kullanılmı tır. Bu 128 bakteriden, 12 tanesihastalardan, 40 tanesi gıda personeli hijyen denetimlerinden ve 27 tanesigüvercinlerden izole edilmi tir. Aynı zamanda 49 referans su kullanılmı tır. Bubakterilerde endüstriyel açıdan önemli olan proteaz, lipaz, sellülaz, amilaz, ksinalaz,lakkaz, üreaz, DNAz ve pektinaz gibi enzimlerin varlı ı biyokimyasal testlerleara tırılmı tır. Aynı zamanda PCR ile lipaz, proteaz ve termonükleaz genamplifikasyonları incelenmi tir. Referans su larının haricindeki bakteriler 16S-ITS-rRNA RFLP tekni i kullanılarak tür düzeyinde tanmlanmaya çalı ılmı tır. Sonuçlarbu patojenik bakterilerdeki ekstrasellüler enzim üretimini gösterip aynı zamandaileri dönemde Staphylococcal patojenite ve ekstrasellüler enzim üretimi arasındakiili kiyi belirlemek için yapılacak çalı malara da ı ık tutacaktır.

Name: Sıla APPAKSchool: zmir Institute of TechnologyDepartment: Molecular Biology and GeneticsMajor: Biology (Master)Title of Thesis: Biochemical and Molecular Characterization of ExtracellularEnzyme Producing Staphylococci Isolated From DifferentOriginsABSTRACTStaphylococci are pathogenic bacteria known to cause diseases amongdiferrent organisms including human. The two species Staphylococcus aureus andStaphylococcus epidermidis are well defined in human diseases although their exactmechanism of pathogenesis is still not fully understood. These pathogenic bacteriacould be isolated from soil, water, air, as well as from the living organisms and theyare both pathogenic and saprophytic.Extracellular enzymes of the organisms are used for the industrial purposes.The isolation and characterization of these enzymes are crucial steps inbiotechnology. The extracellular enzymes derived from the bacteria serve for manypurposes in the industry.In this project 128 Staphylococcus sp. were used. Of these 128 bacteria, 12 wereisolated from patients, 40 were isolated from the foodhandler?s hygiene detections, 27were isolated from pygeons and 49 of them were reference strains. They weresearched for the presence of some of the industrially important extracellularenzymes: protease, lipase, cellulase, xylanase, amylase, laccase, urease, DNase andpectinase with biochemical tests. They were also searched for the presence of thelipase, protease and thermonuclease amplifications by PCR. The bacteria apart fromthe refence strains were also tried to be identified by 16S-ITS-rRNA RFLP analysis.The results would indicate the extracellular enzyme production among thesepathogenic bacteria and would also be used as a guide in further studies to correlatebetween Staphylococcal pathogenity and enzyme production.