Docking study of resveratrol like molecules on histone deacetylase 8

Abstract

histon asetilasyonu modülasyonu genin düzenlenmesinde çok önemli bir rol oynaramino bulunan lizin kalıntılarının durumunu düzenleyen tarafından ifadesi - terminal kuyruklarıhiston proteinleri. histon asetilasyonu / deasetilasyonu bir dinamik denge tarafından yapılmaktadırhiston asetil transferaz (HAT) ve histon deasetilazlar (HDAC). Nedeniyle onlarıngen ekspresyonunda asıl olarak, HDAC ailesi temel hücresel ilişkilendirilmiştirOlaylar ve hücre büyümesi, farklılaşması ve kanser bilgileri gibi hastalık durumları. İçindeÖzellikle, farklı sınıf I ve II, bazı kanser hastalığında aşırı edilir. HDAC inhibitörleri,yapısal hidroksamatlar, halkalı peptidler, alifatik asitler, benzamin en gruba ayrılabilir.HDAC inhibitörleri (HDACi) ve histon asetil transferaz aktivatörleri histon geliştirmekasetilasyonu. HDAC8 bir değişik hastalık için bir tedavi hedefi olarak karıştığı bir sınıf I HDAC olduğunubozukluğu, hücre büyümesini içeren. Bu enzimin yapısının gibi benzersiz özellikler reaveled onunyapısal esneklik. katalitik sitenin mimarisi ve kanal jant arasındaHDAC8, ebatları, şekilleri ve kimyasal göre çeşitli ligandları karşılamak için adapteözellikleri. Bu çalışmada, demirledi yeniden HDAC8 (kod 1T64) yerli TSA ligandı, gözlemlemekBu tür döner tahvil ve X, Y, Z, farklı parametre ile inhibisyon sabiti (Ki)koordine eder. Bu yaklaşımdan, resveratrol bileşik nova tasarım de başlayan, yaniBu tümör inhibisyonu gibi hastalıkların korunma yolları ile bir rol oynadığı düşünülmektedirinisiyasyon. resveratrol iskele yerine göre 100 yüz analogları oluşturmak için kullanılankimyasal gruplar bağlanma enerjisi ve sürekli inhibe ederek değişiklikleri gözlemlemek içinAutodock4.2 kullanılarak moleküler yerleştirme. Bunlar 100 analoglarının açısından değerlendirildiinhibisyon sabiti (Ki) ile bağlı en düşük inhibisyon sabiti seçilen 20'si (Ki),ve bağlanma enerjisi. HDAC8 kanser tedavisi için umut verici bir hedef, şu olduğu gerçeğiek laboratuar deneyleri yürütülmektedir eğer moleküllerin potansiyel antikanser ajanlar olabilirengelleyici etkilerini tespit etmek.

The modulation of histone acetylation plays a pivotal role in the regulation of geneexpression by governing the state of lysine residues located on the amino – terminal tails ofhistone proteins. A dynamic balance of histone acetylation /deacetylation is maintained byhistone acetyl transferases(HAT) and histone deacetylases(HDACs) . Due to theirfundamental role in gene expression, HDAC family have been associated with basic cellularevents and disease states such as cell growth, differentiation and cancer information. Inparticular, distinct class I and II are overexpressed in some cancer disease. HDAC inhibitorsstructurally can be grouped into hydroxamates, cyclic peptides, aliphatic acids, benzamine's.HDAC inhibitors (HDACi) and histone acetyl transferase activators increase histoneacetylation. HDAC8 is a class I HDAC implicated as a therapeutic target for a various diseaseincluding disorder cell growth. The structure of this enzyme reaveled unique features as itsconformational flexibility. The architecture of the catalytic site and the channel rim ofHDAC8 adapt to accommodate various ligands according to their size, shape and chemicalproperties. İn this study, the native TSA ligand of HDAC8 (code 1T64) re docked, to observethe inhibition constant (Ki) with different parameter such as rotatable bonds and X, Y, Zcoordinates. From this approach, starting de nova design from resveratrol compound, that issuggested to play a role in the preventation of some disease such as inhibition of tumourinitiation. The resveratrol scaffold was used to create 100 hundred analogues by substitutingchemical groups to observe the changes in the binding energy and inhibition constant bymolecular docking using Autodock4.2. These 100 analogues were evaluated in terms of theinhibition constant (Ki) and 20 of them selected due to their lowest inhibition constant (Ki)and binding energy. The fact that HDAC8 is a promising target for cancer therapy, thesemolecules can be potential anticancer agents if additional laboratory assays are carried outto ascertain their inhibitory effects.