İnsan x kromozomu (Xq21) polimorfizminin bazı kanser tipleriyle ilişkisinin belirlenmesi

Abstract

İnsan genomunun DNA dizisinin tamamlanmasıyla bir çok aday genle birliktekanserojen aday genler de tahmin edilmis ancak tahminlerin teyidi için gereken deneyselçalısmalar henüz tamamlanmamıstır.Bu tez kapsamında, Balıkesir ve Bursa hastanelerinden farklı kanser tiplerine sahip 12birey, ve 9 saglıklı bireyden, TUSC2'ye oldukça yüksek benzerlik ihtiva eden X kromozomubölgesi (TXq21 olarak kısaltılmıstır) PCR ile elde edilerek DNA dizisi seviyesindekarsılastırılmıstır.Saglıklı ve çesitli kanser hastası bireylerden elde edilen TXq21 DNA dizileri, BioEditprogramının Sequence Alignment, Contig Assembly Program (CAP, dogru dizi tespiti için),DNADist, DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklık agacının tespiti için), veClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için) alt programları kullanılarakanaliz edilmistir.BioEdit programının, DNADist ve DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklıkagacının tespiti) alt programlarının analizi sonucunda ortaya çıkan genetik agaçta kanserlibireylerin tek dalda toplandıgı bariz sekilde ortaya çıkmıstır ve TXq21 bölgesinin hemenhemen bütün kanserli bireylerde bir takım farklılıklar gösterdigi tespit edilmistir.BioEdit programının, ClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için)alt programıyla yapılan analizde ise kanserli ve saglıklı bireyler arasında bir polimorfik bölge(SNP, single nucleotide polymorphism) saptanmıstır. Bu polimorfik bölge incelenen bütünkanser tipleriyle çesitli düzeylerde, ancak akciger kanseriyle oldukça yüksek korelasyongöstermis olup, erken teshiste kullanılabilecek bir potansiyel göstermektedir.Anahtar Sözcükler: Kanser, TUSC2, TUSC4, Xq21.

With the completion of human genome sequence, candidate carcionogen genes alongwith many putative genes, have also been identified. The experimental work needed toconfirm the function of these genes, however, have not been completed yet.With this thesis, TXq21 (TUSC2 like Xq21 region) DNA sequences from 9 healthyindividuals and 12 cancer patients from Balıkesir and Bursa hospitals have been amplified viaPCR and compared using bioinformatics software.TXq21 DNA sequences obtained this way were analyzed through Sequence Aligment,Contig Assembly Program (for contig construction), DNA Dist, DNAPars (for similaritydegrees), and ClustalW (for alingnmet to view polymorphism) accessory applications ofBioEdit program.Analysis using DNADist and DNAPars of BioEdit (for constructing similarity anddistance trees) revealed that most of the cancer patients were grouped together clearlyseparating out from the healthy individuals.The analysis run with ClustalW (to align the sequences and to determine thepolymorphic regions) of BioEdit revealed an SNP (single nucleotide polymorphism) betweenhealthy individuals (non cancer patients) and cancer patients. This SNP has a correlation tovarious extends for all cancer types studied, but a very high correlation for lung cancer. Withthis respect, this SNP has a good potential to be a quick test for early diagnosis of variouscancer types, prime of that being the lung cancer.Key Words: Cancer, TUSC2, TUSC4, Xq21