Tokat ve Kelkit havzası civarındaki illerde kene-kökenli Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü`nün RT-PCR yöntemi ile teşhisi

Abstract

Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) hastalığı, insanlarda şiddetli kanamalar ve yüksek ateş gibi septomlarla seyreden, zoonoz karakterli bir hastalıktır. KKKA hastalığın etkeni negatif anlamlı, tek iplikçikli ve üç parça RNA molekülünden oluşan bir RNA virüsüdür. Tokat ili ve civarında yapılan arazi çalışmaları neticesinde toplanan kene ve serum örneklerindeki KKKA virüsü varlığı, virüsün S segmentine (Np) spesifik olarak dizayn edilen iki farklı primer seti kullanılarak Reverse Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemiyle test edilmiştir ve pozitif örneklerin genetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışmada test edilen bazı örneklerde KKKA virüsü varlığı RT-PCR yöntemiyle moleküler olarak belirlenmiş ve pozitif PCR numunelerinin 1423 baz çiftlik kısmının DNA dizi analizi yapılarak diğer KKKA virüsleriyle benzerliği ortaya çıkartılmıştır. BLAST homoloji araştırmalarının sonuçlarına göre, bu çalışmada bulunan ve EXPASY bilgi bankası analizlerine göre 467 amino asiti kodlayan 1423 baz çifti nükleotid dizisinin Bulgaristan, Rusya ve Kosova'da daha önceden belirtilmiş bazı KKKA viral nükleotid dizileri ile %97 oranında; Çin, Umman, Özbekistan, İran'da bulunanlarla ise %88 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Buna göre, Tokat bölgesinde bulunan KKKA virüsünün muhtemelen Kuzey Avrupa, Balkanlar ve Rusya kökenli olduğu tahmin edilmektedir.

Crimean Congo Haemorrhagic Fever (CCHF) is a zoonotic disease with symptoms of heavy haemorrage and high fever in humans. CCHF virus (CCHFV), the causative agent of disease, is an RNA virus with a negatif single stranded tri-parted RNA genom. In this study, the presence of CCHFV was tested by RT-PCR using CCHFV S segment (Np) specific primers in ticks and serum samples collected from Tokat and vicinity. The presence of the CCHFV was determined in some samples tested, positive samples with 1423 base pairs (bp) were sequenced and nucleotid homology of the sequences with previously found CCHFV S segments were compared. According to BLAST searches and EXPASY analyses, 1423 bp sequence coding 467 amino acid showed 97 % similarity with segments from and Bulgaria, Russia, and Kosovo, and 88 % similarity with segments from China, Omman, Ozbekistan, and Iran. These results indicates that CCHFV found in Tokat and vicinity is possibly originated from East Europe, Balkans, and Russia.