Genomic instability evaluation in different cell-line by random amplified polymorphic DNA-PCR analysis

Abstract

Genom kararsızlığı başta kanser olmak üzere özellikle yaşlanma ile ilgili çeşitli hastalıklarda gözlenmektedir. Genomik kararsızlık farklı çevresel faktörlerin ve çevresel ajanların etki etmesi sonucu ortaya çıkan bir durumdur. Beslenme çeşitli şekillerde genom yapısını kansere karşı koruyucu etki sağlayacak şekilde tetiklemektedir. Gen ekspresyonu (genetik veya epigenetik düzenlemeler), doğrudan ya da dolaylı olarak DNA onarımı ve bunlara bağlı genom kararlılığı zamanla değişebilmektedir.Genomik kararsızlığı tespit etmede çeşitli metotlar kullanılmaktadır. DNA'daki değişimi gözlememizi sağlayan bu metotlardan biri de RAPD-PCR analizidir. Bu çalışmada, çeşitli hücre hatlarınınn pasajlanmasıyla elde edilen genomik DNA'lar kullanılarak, oluşması beklenen değişimlerin tespiti RAPD profil değişimi olarak tespit edilmiştir. Bu değişimlerin mahiyeti: DNA hasarı ve/veya mutasyon olarak tespite çalışılmıştır.

Cancer results from a disordered and unstable genome. Such genomic instability appears to be subject to control by environmental factors as evidenced by the number of cancers that are either caused by specific environmental agents. Dietary factors might interact in several ways with the genome to protect against cancer.An agent might interact directly with the genome and regulate expression (as a genetic or epigenetic regulator) or indirectly by influencing DNA repair responses and so improve genomic stability.The development of widely applicable methods to monitor genomic instability gains importance nowadays. RAPD-PCR assay is a molecular method able to detect comparative DNA changes. This work is to show the applicability of the method to evaluate the ultimate changes caused in various cell-culture derived DNA which might be a model for carcinogenesis, genomic instability and routine cell-culture work.