The allele and haplotype analysis of Y-STR loci on human population of Turkey

Abstract

İnsan genetik çeşitliliği her zaman merak konusu olmuştur. Avrupa ve Asya arasındaki köprü konumu, uzun süreli insan varlığı ve sosyal geleneklerin de etkisiyle Türkiye'de yaşayan populasyonun genetik yapısı oldukça komplextir. Bu çalışmada Türkiye geneli ve coğrafi bölgelerdeki genetik çeşitliliği göstermek amacıyla 116 sağlıklı erkek birey 17 Y-STR lokusu için analiz edilmiştir.17 Y-STR için yapılan analizde herbir bireyin birbirinden farklı haplotip sergilediği görülmüştür. DYS385 lokusu dışlandığında aynı haplotipi sergileyen 2 bireye rastlanmıştır. 17 lokus için haplotip ayırma gücü 1.00 olarak hesaplanmıştır.Elde edilen Y-STR profilleri diğer populasyonlarla kıyaslanmış MDS grafikleri çizilmiştir. Romanya populasyonuyla genetik bir yakınlık farkedilmiştir. Bu çalışma Türkiye geneli için yapılan ilk 17 Y-STR analiz çalışmasıdır.

The distribution of human genetic diversity has long been a subject of interest. Turkey has a bridge-like location between Europe and Asia. The genetic structure of populations in Turkey is quite complex due to the longstanding human presence. In this study, 116 unrelated male individuals were analyzed for variation at 17 Y-chromosome specific STR loci (DYS19, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS385a/b, DYS438, DYS439, DYS456, DYS458, DYS635, Y GATA H4, DYS437 and DYS448) in order to characterize genetic diversity in Turkey and its geographical regions.All haplotypes were found to be unique. The most common haplotype was observed in 2 (1.72%) individuals when DYS385 locus was excluded. The overall haplotype diversity for 17 Y-STR loci was 1.000 indicating a high potential for differentiating between male individuals in this population. Results of the present Y-STR study reveals high level of genetic diversity in Turkey. A duplication in DYS19 locus is observed. A comparative analysis of the generated data to those previously published data from Romania, Macedonia, Germany, Japan, Poland and Croatia was carried out. The AMOVA test revealed the close relationship of the Black Sea Region of Turkey with Romania (Moldavian) population and significant difference from Polish and Japanese populations. This is the first study that investigates 17 Y-STR loci in population of Turkey.