Bir Türk populasyonunda CCR5 geni ∆32 allelinin dağılımı ve çeşitli kanserlerle ilişkisi

Abstract

İİİ ÖZET Yüksek Lisans Tezi Bir Türk populasyonunda CCR5 Geni A32 Aklinin Dağılımı ve Çeşitli Kanserlerle İlişkisi Emire YILMAZ Cumhuriyet Üniversitesi Fen bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Naci Değerli Kemokin reseptör CCR5, HlV-l'in M-tropik türleri için temel koreseptördür. CCR5 'in A3 2 mutant delinin, homozigot bireylerde HTV-1 enfeksiyonuna karşı güçlü bir direnç sağladığı gösterilmiştir. CCR5 geninin kodlama bölgesi 1114 baz çifti uzunluğundadır ve kromozom 3p21 üzerinde yer almaktadır. Bu mutasyonun Avrupalılarda, siyahlar ve Asyalılara göre daha yüksek sıklıkta olması ve populasyonun coğrafik yerleşimine göre sıklığının değişmesi, bunun diğer populasyonlardaki dağılımım belirlemeye yönelik bir ilgi oluşturmuştur. Bu mutant alelin sıklığı beyaz ırkta yaklaşık %10'luk bir oranla nispeten yaygındır ve beyaz populasyondaki homozigot genotip oram %1 olarak tespit edilmiştir. Bu çalışmada A32 aklinin Türkiye'deki sıklığını ve bu alelin bazı kanser türleriyle olan ilişkisini belirlemeyi amaçladık. Mevcut çalışmada, polimeraz zincir reaksiyonu teknikleri kullanılarak, Türkiye'nin Sivas ilinde yaşayan 267 sağlıklı (ciddi bir hastalığı olmayan) ve 20 beyin, 39 meme, 34 larinks ve 30 tiroid kanserli bireydeki CCR5-A32 alel sıklığım belirledik. Örnekler Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinden temin edilmiştir. CCR5ICCR5 normal homozigot bireyler için %95.6'lık (373/390) bir sıklık ve CCR5/CCR5-A32 heterozigot bireyler için %4.35'lik (17/390) bir sıklık saptandı. Bu populasyonda CCR5 yabanıl alel sıklığı %97.8 (763/790), mutant alel sıklığı ise %2.18 (17/780)'dir. Bununla birlikte test edilen bireylerde hiçbir CCR5-A32 homozigot birey saptanamamıştır. Türkiye ile ilgili sonuçlarımız (0.0218), Batı Avrupa'da yapılmış olan ve kuzeyden güneye doğru A32 sıklığında bir azalma olduğunu gösteren bulgularla uyumludur. Test edilen gruplarda alel ve genotipik sıklıklardaki farklılık, bazı kanserli doku ve non-infekte bireyler için istatistiki olarak anlamlı bulunmamıştır. Gözlenen genotipik sıklıklar ile beklenen sıklıklar aynı olduğundan, test edilen populasyonun Hardy- Weinberg dengesinden bir sapma göstermemekte dir (p<0. 159). Anahtar Kelimeler: CCR5, CCR5-A32, HTV-1, genetik polimorfizm ve Türk

IV SUMMARY MSc THESIS The A32 Allele Distribution of The CCRS Gene in a Turkish Population and Its Relationships with Several Cancers EMÎRE YILMAZ Cumhuriyet University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Ass. Prof. Naci Değerli The chemokine receptor CCR5 constitutes the major co receptor for the M-tropic strains of HIV- 1. A mutant allele of the CCR5 gene named A3 2 was shown to confer a strong resistance to homozygote individuals against HIV-1 infection. The entire coding region of CCR5 gene is 1114 base pair long and located on the chromosome 3p21. Since the frequency of this mutation is higher in Europeans than in Blacks and Asians, and its frequency varies with the geographic location of a population, a great interest has been generated for determination of its distribution in other populations. The frequency of this mutant allele is relatively common in Caucasian with ratio of approximately 10 % and the frequency of homoaygote was reported as 1 per cent. In the present study, we proposed to determine the frequency OÎA32 allele in Turkey and its relationships with the several cancer types. We have determined the allelic frequency of CCR5-A32, in 267 healthy and 20 brain, 39 breast, 34 larynx and 30 thyroid cancerous individuals living in Sivas, Turkey, using polymerase chain reaction. The samples were obtained from The Medical Hospital of Cumhuriyet University. A 95.6 % (373/390) frequency of normal CCR5ICCR5 homo2ygous individuals and a 4.35 % (17/390) frequency of CCR5ICCR5-A32 heterozygous individuals were determined. The frequency of the CCR5 wild allele is 97.8 % (763/780) and mutant allele 2.18 % (17/780) in this population. However, no homozygous CCR5-A32 individual was detected among the individuals examined. Since a general north to south downhill gradient of A3 2 frequencies was reported in west Europe, our present result for Turkey (2.18 %) is correlated with these findings. The differences in the allelic and genotypic frequencies among the tested groups found not statistically significant for some cancerous and non-infected individuals. Since the observed genotypic frequencies are similar to the expected genotypic ones, tested population did not show a significant deviation from the Hardy- Weinberg equilibrium (p<0.159). Key Words: CCR5, CCR5-A32, HTV-l,genetic polymorfism and Turks