Symphyta (Hymenoptera:Insecta) üyelerinde çekirdek ribozomal DNA (çrDNA) ITS2 bölgesinin araştırılması

Abstract

Biyoçeşitliliğin korunmasında ilk adım türlerin teşhisi ve adlandırılmasıdır. Ancak geleneksel yöntemler birçok nedenle yetersiz kalmış ve bu soruna bir çözüm olarak açığa çıkan DNA barkodlama yaklaşımı son yıllarda kabul görmüştür. Ancak hayvan gruplarında DNA barkodlama aracı olarak kullanılan COI geninin doğasından kaynaklanan bazı kısıtlamalar nedeni ile barkodlama çalışmalarından alternatif belirteçlerin barkodlama yaklaşımlarına kazandırılması gerekmektedir. Bu anlamda son yıllarda ITS2 (internal transcribed spacer 2) bölgesi alternatif bir DNA barkodlama aracı olarak önerilmiştir. ITS2 bölgesi yalnızca nükleotid dizisi ile değil aynı zamanda oluşturduğu ikincil yapı motifleriyle de taksonomik bilgi sunmaktadır. Ancak farklı yaşam stratejileri ve evrimleşme hızına sahip gruplar içeren Symphyta alttakımında ITS2 bölgeleri hakkında bilgilerimiz oldukça sınırlıdır. Symphyta alttakımdan 10 familya ve 78 türü kapsayan 180 örnek kullanılarak ITS2 bölgelerinin primer nükleotid dizisi ve ikincil yapı verisi aracılığıyla DNA barkodlama bir araç olarak test edilmiştir. Aynı zamanda Symphyta alttakımı ITS2 bölgelerinin ikincil yapıları oluşturularak karakterize edilmiştir ve korunmuş dizi motifleri açığa çıkarılmıştır. Sonuç olarak ITS2 bölgesinin Symphyta üyelerinde başarılı bir DNA barkod aracı olduğu görülmüştür.

The first step in conservation of biodiversity is identification and naming of the species. However, the traditional methods are inappropriate for many reasons and the recent barcoding approaches have been recognized as a possible solution for the problem. Since there are some limitation of COI as a barcoding tool because of the nature of the gene, it is necessary to search for alternative barcoding markers. In this scope, ITS2 (internal transcribed spacer 2) region has been suggested to be an alternative barcoding tool in recent years. The ITS2 region provides taxonomic information not only for its nucleotide sequences but also for its secondary structure motif. However, our knowledge on ITS2 region Symphyta is very limited, a suborder including groups with different evolutionary rate and life strategies. Here, the utility of ITS2 region as a barcoding tool is tested by generating nucleotide sequence and secondary structure information of the region in 180 specimens from 78 species belonging to 10 families of Symphyta suborder. Moreover, the secondary structure of ITS2 in Symphyta is characterized and the conserved sequences motives are identified. As a result, the ITS2 region is suggested to be a relevant barcoding tool in Symphyta.