Sakarya nehir kaynağı sedimentinden izole edilen prokaryotların 16s rrna dizilemesi ile moleküler tiplendirilmesi

Abstract

Yapılan çalışmada, Eskişehir ilinin Çifteler ilçesinde bulunan Sakarya Nehri'nin doğduğu bölgeden farklı derinliklere sahip 4 farklı lokaliteden alınan sediment örneklerinden prokaryotik mikroorganizma izolasyonu yapılmıştır. İzolatların 16S rRNA gen bölgelerine ait dizi verileri elde edilmiş ve filogenetik analizler ile moleküler tiplendirilmesi yapılmıştır.Sediment örnekleri, nehirden steril kavanozlar ile alınmış ve laboratuvar ortamında dilüsyon plaka yöntemi uygulanarak önceden hazırlanmış antibiyotik içerikli 5 farklı besiyeri ortamına inoküle edilmiştir. İzole edilen 22 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PCR çalışmaları yapılmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotid dizi verilerine göre, izolatların Cellulomonas, Micromonospora, Saccharomonospora, Brevibacillus, Paenibacillus ve Microvirga cinslerine ait oldukları belirlenmiştir. Mega 7 paket programı ile 22 izolatın en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. BIOEDIT programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotid farklılık tabloları oluşturulmuştur. İzolatlar arasından olası yeni türler belirlenmiştir.16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; S1S32 (Microvirga sp.), S2S24 (Cellulomonas sp.), S1I41 (Brevibacillus sp.), S1S22 (Paenibacillus sp.), S2S21 (Saccharomonospora sp.), S1S33 (Micromonospora sp.) ve S1G21 (Micromonospora sp.) yeni türler olarak literatüre kazandırılacakları düşünülmektedir.

In this study, isolastion of prokaryotics mircoorganisms from sediment samples taken 4 different location with varied depths of Sakarya Riverhead located in Çifteler town of Eskişehir province was performed. Based on 16S rRNA gene region's nucleotide sequence analysis data of isolates was obtained and phylogenetic analyses was caried out for molecular typing.Sediment samples was collected from river by sterile jar. Sediment samples was applied Dilution plate technique and samples were inoculated on 5 different media including the antibiotics previously prepared. PCR studies of 16S rRNA gene region of 22 organisms isolated from 5 different media was completed. According to nucleotide sequence analysis data of 16S rRNA sequencing; isolates belonging to Cellulomonas, Micromonospora, Saccharomonospora, Brevibacillus, Paenibacillus and Microvirga genus were determined. Phylogenetic analyses with the closest type of 22 isolates were performed via the Mega 7 package program. Similarity percentage and nucleotide difference of isolates compared to the closest type strains were established by using BIOEDIT program. The probability of new species among the isolates were determined.According to phylogenetic analysis of 16S rRNA gene region; isolates S1S32 (Microvirga sp.), S2S24 (Cellulomonas sp.), S1I41 (Brevibacillus sp.), S1S22 (Paenibacillus sp.), S2S21 (Saccharomonospora sp.), S1S33 (Micromonospora sp.) and S1G21 (Micromonospora sp.) could be new species.