Aktinomiset kaynaklı lipaz geninin klonlanması, dizilenmesi ve ekspresyonu

Abstract

Bu çalışmada daha önceki çalışmalarda çeşitli toprak örneklerinden izole edilmiş 250 aktinomiset izolatı kullanılmıştır. Canlandırılabilen 149 izolatın kültürel ortamda derin difüzyon yöntemi ile lipaz aktiviteleri incelenmiş ve izolatların belirli derecelerde lipaz aktivitesi gösterdiği görülmüştür. Bunlardan 53 tanesi (% 36) 1 cm ve daha az, 92 tanesi (% 62) 2 cm ve daha az, 4 tanesi (% 2) ise 2 cm'den daha fazla derinlik oluşturmuştur. En yüksek lipaz aktivitesini gösteren izolatın 16S rRNA gen bölgesine dayalı moleküler identifikasyonu yapılmıştır. NCBI veri tabanında BLAST programı kullanılarak yapılan analiz sonucu izolatın veritabanındaki erişim numarası EU283368.1 olan `uncultured actinobacterium clone AS42 16S ribosomal RNA gene' e % 97 oranında benzediği görülmüştür. Bu izolatın genomik DNA'sının rastgele parçalanarak klonlanması sonucu 16 adet klon elde edilmiştir ve izolatın genomik DNA kütüphanesi oluşturulmuştur. Elde edilen klonların kültürel ortamda lipaz aktiviteleri incelenmiş, fakat klonların lipaz aktivitesi göstermediği görülmüştür

In this study there are 250 actinomycet isolates which were isolated from different soil samples were used. There were 149 isolates? lipase activities were analyzed which were able to be animated within 250 samples by using deep diffusion method. It was observed that the isolates show lipase activity. 53 of them (36 %) 1 cm and less, 92 of them (62 %) 2 cm and less, 4 of them (2 %) more than 2 cm depth produced too. The isolate?s which showed the highest lipase activity molecular identification has been made which based on 16S rRNA gene. As a result of the study has been made on the NCBI database by using BLAST program, it was observed that, isolate showed 97% similarity `uncultured actinobacterium clone AS42 16S ribosomal RNA gene? which?s access number on the database is EU283368.1. There are 16 clones derived from this isolate?s DNA by breaking down randomly. Genomic DNA library of the isolate is constructed. The derived clones?s lipase activities analyzed in the cultural medium, however the clones have not showed lipase activity.