Identification of the lactobacillus species originated from human gut by pcr - ardra technique

Abstract

Konakçı sağlığı üzerinde olumlu etkiler gösteren canlı mikroorganizmalar probiyotik olarak adlandırılır. Son yıllarda, probiyotik olan laktobasillerin tüketicinin sağlığı için faydalı olduğu düşünülen ürünlerde kullanılmasıyla buna olan ilgi artmıştır. Lactobacilluslar çoğunlukla endüstriyel ve klinik öneme sahip olan şu anda yaklaşık 140 türü ile birlikte en önemli organizmalar arasındadır. Probiyotik suşun sadece fenotipik ve fizyolojik özellikleri bakımından tanımlanması genellikle çok fazla ayırt edici değildir. Tür seviyesinde Lactobacillus'un tanımlanması günden güne daha gerekli hale gelmektedir. Maalesef metodların çoğu yoğun iş yüklü, maliyetli ve zaman alıcıdır. Bu araştırmanın amacı çoğaltılmış 16S ribosomal DNA kesim analizlerinin (ARDRA) kullanımı ile insan sindirim sisteminde bulunan 14 Lactobacillus suşunu ayırt etmek ve tanımlamaktır. Bu çalışmada, 16S rRNA genine karşı iki üniversal primer (8UA ve 1492R) kullanılarak 1.5 kbç PZR ürünleri, üreticilerin ticari amaçla kullandığı suşlardan elde edilmiştir. Türe özgü restriksiyon parçaları oluşturmak için, çeşitli veri tabanlarından elde edilen 14 Lactobacillus türünün 16S rRNA gen dizilerinin eşleşmeleri sonucu üç adet restriksiyon endonukleaz (FspBI, HinfI ve DraI) seçilmiştir. PZR ürünlerinin bu üç enzim tarafından kesilmesi sonucu oluşan fragmentlerin 14 tür için özgün olan fragmentler oluşturduğu görülmüştür. Ondört ticari Lactobasillus türünden elde edilen 1.5 kbç PZR ürünlerinin FspBI, HinfI ve DraI endonukleazları ile kesimi sonucunda sırası ile altı, dört ve iki Lactobasillus türü ayrıştırılmıştır. Sunulan bu çalışma 1.5 kbç 16S rRNA gen parçalarının insan sindirim sisteminde bulunan Lactobacillus türlerini etkili, hızlı ve uygun bir şekilde ayırt edilidiğini ve tanımlandığını göstermiştir.

Probiotic means 'living microorganisms' which have beneficial effects on their host's health. In recent years, interest in the probiotic lactobacilli has been stimulated by the use of these bacteria in products that are claimed to confer health benefits on the consumer. Lactobacillus is among the most important organisms with nearly 140 species at present, mostly of industrial and clinical importance. The identification of probiotic strain only in phenotypic and physiyological characteristics is often with a low level of discrimination. The identification of Lactobacillus at species level is becoming more and more required. Unfortunately, most of the methods are labor-intensive, costly, and time-consuming. The aim of this study is to identify and discriminate fourteen Lactobacillus strains that have been found in the human alimentary tract by the use of amplified 16S ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA). In this study, using two universal primers (8AU and 1492R) against the 16S rRNA gene, 1.5 kb PCR products were obtained from the commercial strains of the manufacturers. To obtain species-specific restriction patterns, three restriction endonucleases (FspBI, HinfI and DraI) were chosen for the aligning of the 16S rRNA gene sequences of fourteen Lactobacillus species retrieved from various databases. It was shown that 1.5 kb amplicon digested by these enzymes provided unique patterns of almost fourteen species. Digestion of the 1.5 kb PCR product with FspBI, HinfI and DraI endonucleases differentiated six, four and two species of Lactobacillus respectively. The present study has demonstrated that 1.5 kb 16S rRNA gene fragments can be identified and differentiated in a reliable, rapid and accurate manner for Lactobacillus species that are found in the human alimentary tract.