Meme kanserlerinde DNA kopya sayısı değişikliklerinin komparatif genomik hibridizasyon (CGH) ile saptanması

Abstract

ÖZET MEME TÜMÖRLERİNDE DNA KOPYA SAYISI DEGIŞDXLDXLERINİN KOMPARATİF GENOMİK HİBRİDİZASYON İLE SAPTANMASI Meme kanseri kadınlar arasındaki en yaygın neoplastik hastalıktır. Meme kanseri progresyonu ve gelişmesinde rol oynayan genetik değişikliklerin büyük bir kısmı daha önceki sitogenetik çalışmalar ve moleküler metodlar ile belirlenmiş olmasına rağmen bir çok nokta hala tam anlaşılamamıştır. Tümör hücrelerinin kültüre edilmesindeki ve metafaz kromozomlarının elde edilmesindeki teknik sorunlardan dolayı konvensiyonel sitogenetik metodlar ile genetik değişiklikleri saptamak zordur. Bu yüzden meme kanserlerindeki sitogenetik çalışmalar diğer solid tümörlerden daha yavaş olmuştur. Komparatif Genomik Hibridizasyon (CGH) insan malignansilerindeki DNA kopya sayısı değişikliklerini, metafaz alanı elde etmeye gerek olmaksızın gösterebilen moleküler sitogenetik bir metoddur. Bu çalışmada, 31 sınıflandırılmamış meme kanseri CGH ile analiz edildi. CGH analiz sonucunda analiz edilen primer meme kanserlerinin %90 (28/31)'ında DNA kopya sayısı değişikliği olduğu saptandı. Bu değişikliklerin çoğu literatürdeki CGH verileri ile paralellik göstermiştir. Özellikle bu DNA kopya sayısı değişikliklerinin lq (15/31), 8q (18/31), 20q (11/31), 12p (11/31), 6p (10/31) kazanımlan ve 17p (12/31), 15q (8/31), 16p (7/31) kayıpları şeklinde olduğu belirlenmiştir. Bu kopya sayısı değişikliklerinin bulunduğu kromozomal bölgeler tümör gelişmesi ve progresyonunda etkili olan genleri içerdiğinden önem taşımaktadır. Bu yüzden bu bölgelerin tanımlanması prognozun belirlenmesinde, tanıda, ve yeni tedavi protokollerinin geliştirilmeside önemli olacaktır. Anahtar Kelimeler : Meme Kanseri, Komparatif Genomik Hibridizasyon (CGH) VIII

SUMMARY DETECTION OF DNA COPY NUMBER ABERRATIONS WITH COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION IN BREAST TUMORS Breast cancer is the most common neoplastic disease among women worldwide. Despite a wide spectrum of genetic changes underlying the development and progresion of breast cancer have been identified by previous cytogenetic studies and molecular methods has remained poorly understood. It is difficult to detect genetic changes by conventional cytogenetic methods because of the technical difficulties in culturing of tumor cells and obtaining metaphase spreads for cytogenetic analysis. Therefore, progress in the cytogenetic characterization of breast cancer and other solid tumors has been slow. Comparative Genomic Hybridization (CGH) has become a widely used method in molecular cytogenetics to screen DNA copy number changes in human malignancies. In the present study, thirty one unselected primary breast carcinomas were analysed by CGH. CGH analyses indicated that 90 % (28/3 1) of primary breast carcinomas showed DNA copy number changes. Many of DNA sequence copy number changes showed similarity to previous CGH results in the literature. Gains of lq (15 of 3 1), 8q (18 of 3 1), 20q (1 1 of 3 1), 12p (11 of 31), 6p (10 of 31) and lost of 17p (12 of 31), 15q ( 8 of 31), 16q (7 of 31), 22 (8 of 31) were the most frequent genomic imbalances. Regions with increased copy number reveal chromosomal sites that may contain dominant oncogenes, whereas regions with descreased copy number may harbor tumor suppressor gene loci. We believe that the regions of frequent abnormality harbor novel cancer genes, identification of which might be important in diagnosis, prognosis, and the development of new therapy modalities. Key Words : Breast Cancer, Comparative Genomic Hybridization (CGH) IX