Helicobacter pylori vacA genotiplerinin DNA dizi analizi ile belirlenmesi ve genetik değişikliklerin patogenez ile ilişkisinin incelenmesi

Abstract

ÖZET Helicobacter pylori vac A Genotiplerinin DNA Dizi Analizi İle Belirlenmesi Ve Genetik Değişikliklerin Patogenez İle İlişkisinin İncelenmesi Meral Karaman Ülkemizdeki Helicobacter pylori (H. pylori) genotipleri ve bunların patogenez ile ilişkileri konusunda yeterli veri bulunmamaktadır. Bu tez çalışmasında birbirinden bağımsız, klinik olarak peptik ülser hastalığı (PÜH, n=13) ve ülser olmayan dispepsi (ÜOD, n=16) tanısı almış, üreaz testi olumlu toplam 29 mide doku örneğinden soyutulan H. pylori kökenlerinin vacA s ve m genotiplerini belirlemeyi, vacA genotiplerinin cagA ile ve bu virülans faktörlerinin klinik tanı ile birlikteliğini araştırmayı amaçladık. H pylori kökenlerinde cagA gerimin varlığı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) ile, vacA genotipleri ise nükleotid dizi analizi ile araştırıldı. Analizler sonucunda, vacA simi genotipi ve cagA pozitifliği ile PÜH varlığı arasında anlamlı bir birliktelik saptandı. PZT ile elde edilen genotipleme sonuçlan nükleotid dizilerinin filogenetik analizi ile elde edilen sonuçlarla uyumluydu. VacA mi ve m2 genotipindeki kökenler arasında nükleotid ve aminoasit düzeyinde belirgin farklılık olmasına karşın her iki genotipdeki kökenler kendi içlerinde yüksek oranda homologdu. Ayrıca bazı dizilerin tümüyle identik oldukları saptandı. Filogenetik ağaçta aynı kümede yer alan bu dizilerin homoplazi testi ile klonal oldukları belirlendi. İki ayrı klonal grupta yer alan üçer dizinin rekombinan kökenlere ait olabileceğini düşündüren veriler elde edildi. Klonal kökenlerin birbirinden bağımsız hastalardan soyutlanmış olması, aile içi bulaşlar dışmda da klonal H. pylori mfeksiy onlarının olası olduğunu göstermiştir. Anahtar Sözcükler: Helicobacter pylori, vacA, cagA, dizi analizi, PZT, klonalite, rekombinasyon

SUMMARY Determination of Helicobacter pylori vac A genotypes by DNA sequence analysis and investigation of the association of genetic variability with pathogenesis. Meral Karaman There is limited information on the distribution of Helicobacter pylori (H pylori) genotypes in Turkey and their association with the pathogenesis. In this study, we sought to determine the cag A status and the distribution of vacA genotypes of if. pylori isolates from patients with peptic ulcer disease (PUD) and non-ulcer dsypepsia (NUD) by polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequencing. PUD was significantly correlated with vacA s lml genotype and cagA positivity. Clustering patterns of the isolates were in accordance with the PCR-based genotyping results. VacA ml and vol strains, when analyzed together, showed significant diversity at nucleotide and amino acid level. However, strains within the same genotype exhibited limited diversity some of which were completely identical. The clonality of these strains was also evident by their low homoplasy ratios. These clonal strains were isolated from patients having no famialial relationships.The data also suggested that some of the sequences within these clonal groupings were recombinant. This study provides evidence that clonal spread of H. pylori infections is also possible in community settings. Key words: Helicobacter pylori, vac A, cag A, sequence analysis, PCR, clonality, recombination