Array CGH ile tüm genomu tarayarak saptanan submikroskobik kromozomal değişikliklerin konfirmasyonu

Abstract

Sitogenetik çalışmalar, kromozomal delesyon ve duplikasyonlarının ya da mikroskobik olarak görülebilen kromozomal anomalilerin doğuştan gelen spesifik hastalıklarla ilişkili olduğunu göstermiştir. Bunu takiben mikroarray-tabanlı uygulamaların geliştirilmesi ile çok sayıda mikroskopla gözlenemeyen kopya sayısı değişikliği ?Copy Number Variations? (CNVs) saptanmıştır ve bunların insan genomunda genetik çeşitliliğe yol açan önemli bir kaynak olduğu anlaşılmıştır. Diğer taraftan bu kopya sayısı değişikliklerinden bazılarının doğumsal defektler, kanser, yenidoğanlardaki nörogelişimsel bozukluklar ve yetişkinlerdeki nörodejeneratif hastalıklarla ilişkili patojenik CNV'ler olduğu gösterilmiştir. Bu veriler lokus spesifik ve tüm genomu kapsayan array tekniklerinin geliştirilmesiyle elde edilmiştir. Bu çalışmada birden fazla konjenital anomalisi olan hastalarda array CGH ile daha önce saptanmış olan submikroskobik genomik değişikliklerin, qPCR ve MLPA ile lokus düzeyinde doğruluğu araştırılmıştır. Varolan tekniklerin güçlü ve zayıf yönleri ele alınmış, gelecekte uygulanacak alternatif yöntemler tartışılmıştır.

Cytogenetic studies have demonstrated that duplications or deletions of entire chromosomes or microscopically visible aberrations are associated with specific congenital disorders. The subsequent development and application of microarray-based assays have established in large quantities of copy number variants (CNVs) as a substantial source of genetic diversity in the human genome. Moreover, some of these CNVs which are associated with birth defects, cancer, neurodevelopmental disorders at birth and neurodegenerative diseases in adulthood have been demonstrated as pathogenic CNVs. Development of array technologies covering the entire range from specific loci to genome-wide, are behind these informations. In this dissertation, submicroscopic abberrations identified with array CGH in patients with several congenital disorders were further investigated on locus-spesific level with qPCR and MLPA. Besides, this thesis briefly review the methods that are available to detect CNVs, discuss their strong and weak points, show some new developments and look ahead.