Enterococcus cinsine ait starter kültür suşlarının karakterizasyonu

Abstract

ÖZET Yüksek Lisans Tezi ENTEROCOCCUS CİNSİNE AİT STARTER KÜLTÜR SUŞLARININ KARAKTERİZASYONU Pelin BAŞÇI Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Cumhur ÇÖKMÜŞ Türkiye'nin değişik bölgelerinden toplanan geleneksel beyaz peynirler ve peyniraltı suyu örneklerinden izole edilen bakteriyosin üretme yeteneğine sahip Enterococcus cinsi üyesi bakteriler üzerinde yürütülen morfolojik, kültürel ve biyokimyasal testler sonucunda; 40 adet sustan 24 adedinin E. duratıs, 12 adedinin E. faecalis, 4 adedinin ise E. faecium olduğu belirlendi. Türler arası farklılığın saptanmasında ve tür içi suşların ayırımında plazmid ve toplam hücre protein analizlerinden elde edilen verilerden yararlanıldı. Gıda kaynaklı enterokokların antibiyotik direnci ve patojenite özelliğinin belirlenmesinde vankomisin direnç ve hemolitik aktivite testleri kullanıldı. Test edilen suşlardan 4 adet E. faecalis (PC9, PC15, PC21 ve PC23) susu vankomisine dirençli (30 ug/mL) olarak saptanırken, 7 adet E. durans (PCI, PC11, PC13, PC17, PC19, PC36 ve PC40) ve 1 adet E. faecium (PC 16) susunun a-hemolitik aküvite gösterdiği belirlendi. Diğer enterokok suşlarının vankomisin direnci ve hemoliz özelliklerine sahip olmadığı tespit edildi. Enterococcus suşlan tarafından üretilen bakteriyosinler, gösterdikleri inhibisyon aküvite spektrumlarına göre 10 grup altında toplandı. Enzim, pH ve sıcaklık uygulamaları sonucunda E. faecalis suşlan tarafından üretilen ve IV., V., VTL, VDI. ve IX. gruplar altında sınıflandırılan bakteriyosinlerin; sırasıyla, enterosin 226NWC, enterosin 1071 (A ya da B), enterosin EJ97, bakteriyosin AS-48 ve enterokoksin EFS2 ile benzerliğe sahip oldukları saptandı. E. faecium suşlan tarafından üretilen VI. grup bakteriyosirün ise enterosin A ya da B ile ve X. grup bakteriyosinin enterosin I ile büyük ölçüde benzerlik gösterdiği belirlendi. I., n. ve UJ. grupta yer alan E. durans bakteriyosinleri ise, E. durans suşları tarafından üretilen bakteriyosinlerin hiçbiri ile benzerlik göstermedi. 2005, 93 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Enterococcus, bakteriyosin, SDS-PAGE, plazmid

ABSTRACT Master Thesis CHARACTERIZATION OF STARTER CULTURE STRAINS OF GENUS ENTEROCOCCUS Pelin BAŞÇI Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Cumhur ÇÖKMÜŞ Among 40 bacteriocin producer Enterococcus strains, isolated from traditional white cheese and whey samples from different regions in Turkey, 24, 12 and 4 were identified according to morphological, cultural and biochemical tests as E. durans, E. faecalis and E. faecium, respectively. Plasmid and whole-cell protein analysis were performed to determine the differences between species and to discriminate the strains in the species. Vancomycin resistance and haemolysis was also checked for determining antibiotic resistance and pathogenesis of food grade enterococci. While 4 E. faecalis strains (PC9, PC15, PC21 and PC23) found to be resistant to vancomycin (30 ng/mL), 7 E. durans (PCI, PC11, PC13, PC17, PC19, PC36 and PC40) and 1 E. faecium (PC16) strains showed a-haemolytic activity among the strains tested. Neither haemolytic activity nor vancomycin resistance determined in other Enterococcus strains. Bacteriocins, produced by Enterococcus strains, grouped into 10 groups according to their inhibitor activity spectrum. Enzyme, heat and pH treatment of bacteriocins in group IV, V, VII, Vm and K, which were produced by E. faecalis strains, revealed similarities with enterocin 226NWC, enterocin 1071 (A or B), enterocin EJ97, bacteriocin AS-48 and enterococein EFS2, respectively. Group VI and X bacteriocins, produced by E. faecium strains, showed similarity with enterocin A or B and enterocin L respectively. No relationship was detected with E. durans bacteriocins, in group I, II and m, and any known bacteriocins which are produced by E. durans strains. 2005, 93 pages Key Words: Enterococcus, bacteriocin, SDS-PAGE, plasmid