Fare genomunda bulunan bazı glikoliz yolu genlerinin cDNA``larının üretilmesi, antisens mRNA üretimi ve İn Situ hibridizasyon ile gen ekspresyon analizi

Abstract

ÖZET Yüksek Lisans Tezi FARE GENOMUNDA BULUNAN BAZI GLİKOLİZ YOLU GENLERİNİN cDNA'LARININ ÜRETİLMESİ, ANTİSENS mRNA ÜRETİMİ ve İN SİTU HİBRİDİZASYONU İLE GEN EKSPRES YON ANALİZİ Murat ÇANKAYA Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Hasan ÖZDEMİR Hayvan genomları, 15.000 (Drosophila) ve 30.000 (insan, fare) arasında gen ihtiva ederler. Bu genlerin büyük çoğunluğunun sekanslarının bulunması, biyolojik regülasyonun temelini teşkil eden kompleks genetik ve protein etkileşmelerini araştırma imkanlarına neden olmuştur. Birçok bileşen ihtiva eden düzenleyici metabolik ağın anlaşılması için, her bir komponentin ekspresyon zamanının ayrıntılı bir şekilde bilinmesi önemli bir avantaj sağlar. Gen ekspresyon örnekleri, RNA in situ hibridizasyonu ile kolaylıkla belirlenebilir. Değişik dokularda gen ekspresyon örneklerinin tayini ve gösterilmesine izin veren tamamen otomatik olarak düzenlenmiş sistemler vardır. Ayrıca RNA in situ hibridizasyonu vasıtasıyla elde edilen gen ekspresyon verilerinin otomotik mikroskopik taranması için bilgisayar programı oluşturulmuştur. Bu çalışmada glikoliz yolunda bulununan bazı enzim genleri (Gck, Hk2, Pfkm, Aldo 1, Aldo2, Aldo3, Tpi, Gapds, Pgaml, Eno2, Eno3, Pklr, Pkm2) seçildi. Bu enzimler için spesifik primerler düzenlendi. Bu spesifik primerler kullanılarak spesifik cDNA kalıpları hazırlandı. cDNA kalıpları ile antisens mRNA'lar (in vitro transkripsiyon) üretildi. Bu antisens mRNA'ların;14,5 günlük fare embriyosu kullanılarak in situ hibridizasyon yapıldı. Ekspresyon sonuçları mikroskopta incelenerek internet ortamına aktarıldı. 2004, 81 sayfa Anahtar kelimeler: İn situ hibridizasyon, mRNA, cDNA, gen ekspresyonu

ABSTRACT Master Thesis cDNA'S PRODUCTION OF SOME GLYCOLYSIS PATHWAY GENES IN MOUSE GENOME, PRODUCTION OF ANTISENS mRNA AND GEN EXPRESSION ANALYSIS BY IN SITU HYBRIDIZATION Murat ÇANKAYA Atatürk University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Chemistry Supervision Doç. Dr. Hasan ÖZDEMİR Genomes of animals contain between 15 000 (e.g.Drosophila) and 30 000 (human, mouse) genes. The availability of sequence data for many of these genes opens up opportunities to study complex genetic and protein interactions that underlie biological regulations. Many examples demonstrate that an understanding of regulatory networks consisting of multiple components is significantly advanced by a detailed knowledge of the spatiotemporal expression pattern of each of the components. Gene expression patterns can readily be determined by RNA in situ hybridization. To achieve this goal have been developed high-throughput technologies in a fully automated fashion that allow the determination and visualization of gene expression patterns by RNA in situ hybridization on tissue sections at cellular resolution. In addition, they have put together hardware and software for automated microscopic scanning of gene expression data that are produced by RNA in situ hybridization In this study, gene of some enzymes (Gck, Hk2, Pfkm, Aldol, Aldo2, Aldo3, Tpi, Gapds, Pgaml, Eno2, Eno3, Pklr, Pkm2) was selected in glycolysis way. Specific primers was arranged. Specific cDNA templates was prepared with these specific primers. Antisense mRNAs (in vitro transcription) was produced with specific cDNA templates, in situ hybridization in which was used these antisense mRNAs on mouse embryo (14,5 days) was made. Automated microscopic scanning of, gene expression datas were investigate and these results were transfered with software in internet. 2003, 81 pages Keywords: In situ hybridization, mRNA, cDNA, gene expression 11