Düşük molekül ağırlıklı polipeptidlerin poliakrilamid jel elektroforeziyle ayrılması

Abstract

ÖZET Bu çalışmada, Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-PAGE) ile düşük molekül ağırlıklı proteinleri molekül ağırlığı esasına göre ayırmayı amaçladık. Elektroforezde, örnek materyal olarak, mikroorganizmal kaynaklardan Hansenula polymorpha, ticari bira mayası (Saccharomyces cerevisiae), bitkisel kaynaklardan ise ayva ve mantar kullanıldı.Molekül ağırlığı bilinen standart proteinler olarak kazein, sığır serum albumin (BSA), lipaz ve pepsin kullanıldı. '` Örneklerdeki proteinler, protein saflaştırma teknikleri uygulanarak sallandırıldı. Sallandırılan protein örnekleri örnek tamponla aynı hacimde karıştırılarak sıcakta denatüre edildi.Bu şekilde hazırlanan örnekler SDS-PAGE uygulanarak SE-600 Dikey Dilim Jel Eletroforez Ünitesiyle- ayırma işlemi yapıldı. Elektroforezden sonra jeller, Coomassie brillant blue R-250 (CBB R-250) boyası ile boyandı ve daha sonra boya çıkarma çözeltisi ile protein bandları görünür duruma getirildi. Boyanan polipeptid bandları bilgisayar bağlantılı scanning dansitometre ile değerlendirilerek, protein bandlarının band şiddetleri (pikler) elde edildi.Dansitometre programı ile protein bandlarının ayrı ayrı Rf değerleri bulundu ve standart proteinlerin Rf değerleri ile molekül ağırlıklarının logaritma değerleri arasında standart bir protem grafiği çizildi.Bu grafik ve dansitometre programı sayesinde molekül ağırlığı bilinmeyen protein bandlarının molekül ağırlıktan bulundu.

n ABSTRACT In this study, We aimed the separation of the low molecular weight proteins on the basis of molecular weight with Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Hansenula polymorpha and commercial beer yeast (Saccharomyces cerevisiae) from the microorganismal sources, quince and mushroom from the vegetable sources were used as a sample material in the electrophoresis. Casein, bovine serum albumin (BSA), lipase and pepsin were used as the standart proteins known molecular weight. Proteins in the samples were purified by applying the protein purification technics. The purified protein samples were denaturated by mixing with the sample buffer at the same volume. The prepared samples in this way were done the separation procedure by applying SDS-PAGE with the SE-600 Vertical Slab Gel Electrophoresis Unit. The gels were stained with the Coomassie brillant blue R-250 (CBB R-250) dye after the electrophoresis and then the protein bands were achieve to the visible state by the destaining solution. The band intensities (peaks) were obtained by evaluating the stained polypeptid band by means of the scanning densitometer connected with a computer. Separately the Rf values of the protein bands were found by the densitometer programme, and a standard plot of protein was drawn between the Rf values of the standard proteins and the logarithm values of their molecular weights. The molecular weights of the protein bands unknown molecular weight were found by means of this plot and the densitometer programme.