Stark early orange (seo), zard, ordubatbenzeri kayısı çeşitleri̇nde yüksek kapasiteli DNA dizileme analizi

Abstract

Kayısı (Prunus armeniaca), bir erkek determinant (F-box proteinleri; SFB'ler) ve bir dişi determinant (ribonükleaz, S-RNaz) olmak üzere, çok lokuslu ve çok alleli gametofitik kendine uyuşmazlık (GSI) sergiler. Türkiye kayısılarının S lokus nükleotid dizileri ise henüz belirlenmemiştir. Yapılan bu çalışmasında Erciyes üniversitesi Ulusal Kayısı Genetik Kaynakları Parselinde yer alan 241 kayısı çeşidin S allel profili çıkartılmış ve Ordubatbenzeri, Stark Early Orange ve Zard kayısı çeşitlerinin yüksek kapasiteli DNA dizisi elde edilmiş, Hacıhaliloğlu genomunu referans alınarak S-RNase ve SFB gen dizileri belirlenmiş, filogenetik analizler yapılmıştır. PCR çalışması ile belirlenen alleler, S-RNaz ve SFB gen dizileri üzerinde belirlenmiş, polimorfirmizm kaynakları bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Genetik çeşitlilik, kendine uyuşmazlık (Self Incompatibility), kendine uyuşurluk (Self compatibility).

Apricot (Prunus armeniaca) exhibits multi-locus and multi-allele gametophytic self-incompatibility (GSI), including a male determinant (F-box proteins; SFBs) and a female determinant (ribonuclease, S-RNase). The S locus nucleotide sequences of Turkish apricots have not yet been determined. In this study, S allele profile of 241 apricot accessions in Erciyes University National Apricot Genetic Resources Parcel was determined and high capacity DNA sequence of Ordubat-like, Stark Early Orange and Zard apricot varieties were obtained and S-RNase and SFB gene sequences were determined by maping the sequence reads to reference to Hacıhaliloğlu genome, and finally phylogenetic analysis were performed. Alleles determined by PCR were found in S-RNase and SFB gene sequences and polymorphic sites were detected. Keywords: Genetic diversity, Self Incompatibility, Self compatibility.