Candıda türlerinin moleküler tekniklerle tiplendirilmesi

Abstract

Bu çalışmada Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına ait kültür koleksiyonundan alınan Candida türleri kullanılmıştır. Alınan 60 adet Candida izolatlarının tanı ve karakterizasyonu; konvensiyonel (morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testler) ve moleküler yöntemlerle yapılmış olup tür düzeyinde tanılanmıştır. Spesifik primerler yardımıyla RAPD - PCR moleküler tiplendirme metodları kullanılarak 60 Candida türünün akrabalık dereceleri belirlenmiştir. Bu amaçla yapılan çalışmada dört farklı DNA izolasyon tekniği denenerek Candida türleri için en uygun DNA izolasyon metodu belirlenmiştir. İzolasyonu yapılan ve RAPD – PCR yöntemi ile tiplendirilmeye çalışılan Candida'ların istatistiki olarak değerlendirmeleri yapılmış ve C. albicans'ın merkezde %35, ve tüm dendogramda %57 oranında dağılım gösterdiği ve tüm Candida'lar içinde merkezi konumda yer aldığı belirlenmiştir. Bununla birlikte tüm Candida'lara oranla %3,3 oranında C. guilliermondii, %5 oranında ise C. pseudotropicalis, C. albicans'lara yakın özellikler göstererek C. albicans grupları içinde yer almışlardır. Ayrıca %3,3oranında C. geotrichum, hem C. glabrataya hemde C. tropicalis'e 1. Derece, C. albicans'lara ise 2. derece yakın akrabalık göstermiştir. C. glabrata'ya ait iki farklı grup, zıt kutuplarda yer alarak C. albicans'lara akrabalık derecelikleri bakımından uzak yerleşim göstermişlerdir. C. krusei türleri'de %3,3 ve %5 oranlarında iki farklı grup olarak zıt kutuplarda ve C. albicans'lara akrabalık yönünden yakın derecede yer almışlardır. C. parapisilosis türlerinin çalışmada kullanılan tüm Candida'lara oranı %8 olup, en uzak akraba olduğu saptanmıştır. Aynı türlerin farklı gruplarda yer alan bireyleri için farklı suşlar olabileceği değerlendirmesi yapılmıştır.

Candida species, which are taken from culture collection belonging to microbiological laboratory, Atatürk University faculty of medicine, have been used in this research. The diagnosis and characterisation of obtained isolates have been done with convectional (morphological, physiological and biochemical tests) and molecular methods, and 60 candida species have been taken as diagnosed at the species level. The degree of affinity of 60 candida species has been determined by the help of specific primary by using RAPD - PCR molecular typing procedures. For this purpose, most efficient method that can be used for DNA isolation of candida species, has been determined by proving four different DNA isolation techniques. The Candida, which were insulated and tried to typing with RAPD – PCR, have been statistically evaluated and they have shown that they fall into the centre among all Candida by ranging at the rate of %35 in centre of C. albicans and at the rate of %57 in all dendograms. In addition, compared to all Candida; they have taken part at the rate of %3,3 in C.guilliermondii, %5 in C. pseudotropicalis and C. albicans by showing similarity with C. albicans. Besides, they have shown primary affinity with both C. glabrata and C. tropicalis, and at the second rate with C. albicans and also at the rate of %3,3 with C. geotrichum. Two different groups C. glabrata which are at the rate of %1,6 and %3,3 compared to all Candida and belonging to C. glabrata, have shown away habitat in terms of the degree of affinity to C. albicans by being poles apart. Species of C. krusei in poles apart as two different groups at the rate of %3,3 and %5, have takes part near to C. albicans in terms of affinity. Species of C. parapisilosis's rate is %8 compared to all Candida which are used in the research, and it has been determined that they are the most distant relatives. It has been evaluated that there can be different strains for the individuals of the same species in different in groups.