Yapılarında tricyclo (3,3,1,1) decane bulunduran bazı ilaç bileşiklerinin moleküler şekillenimleri ile dithiophosphonate türevi nikel kompleksinin kristal yapıları

Abstract

YAPILARINDA TRİCYCLO {3,3,1,1] DECANE BULUNDURAN BAZI İLAÇ BİLEŞİKLERİN MOLEKÜLER ŞEKİLLENİMLERİ İLE İKİ DİTHİOPHOSPHONATE TÜREVİ NİKEL KOMPLEKSİNİN KRİSTAL YAPILARI Yusuf ÖZCAN Hacettepe Üniversitesi, Fizik Mühendisliği Bölümü, Katıhal Fiziği Anabilim Dalı ÖZ Bu çalışmada, öncelikle, aşağıda adı verilen iki nikel kompleksinin molekül ve kristal yapıları X-ışınları kırınımı yöntemiyle belirlenmiştir. Dithiophosphonate kompleksleri, tarımsal alanlarda ve sağlık endüstrisinde önemli bir uygulama alanına sahiptir. Dithiophosphonate bileşiklerinin bazı türevleri etkili bir şekilde anti-oxidant olarak kullanılmaktadır. Yapı çözümünde kullanılan Bragg yansıma şiddetleri, Enraf-Nonius CAD-4 kırınım metresi ile MoKa ışını kullanılarak toplanmıştır. Aşağıda adı geçen komplekslerin yapılarının çözümlerinde şiddet verileri, bilgisayarlar için geliştirilmiş WinGX paketinde yer alan SHELXS97 ve SHELXL97 kristal yapı çözüm ve arıtım programları ile değerlendirilmiştir. Yapılardaki molekül içi ve moleküller arası etkileşmeler PARST97 programı ile belirlenmiştir. Moleküler çizim için ORTEP III, kimyasal diyagram çizimi için CHEMWIND programları kullanılmıştır. I. Trans - Nikel(ll) - bis [ O - 2,4 - di - tert - butylphenyl ( 4 - methoxyphenyl) dithiophosphonato-S, S1] II. Trans - Nikel(ll) - bis [( O - propyl` ) - ( p - methoxyphenyl) dithiophosphonate] İkinci aşamada, yedi tane adamantane bileşiğin; I. 1 -adamantane, II. 1-aminoadamantane, III. 1 -adamantyl-2-methyl-2-propylamine, IV. 1-(1-adamantyl) ethylamine, V. 1 -adamantane carboxamide, VI. 1 -adamantane carboxylic acid, VII. 1-adamantanolşekillenimleri Alchemy 2000 paketinde yer alan MM3, PM3 ve AM1 programlarının kullanılmasıyla elde edilmiştir. Adamantane moleküllerinin pek çoğunun tıbbi açıdan önemli olduğu bilinmektedir. Bu tip biyoaktif bileşikler tricyclo [3, 3, 1, 1] decane moleküller grubunu içerirler. Aynı moleküler grubu içermelerine karşın, çok farklı biyoaktiviteler de gösterebilirler. Bu nedenle bu bileşikler için yapı-aktivite ilişkisi çok önemlidir. Tricyclo [3, 3, 1, 1] decane moleküler ana yapısına farklı yan grupların bağlanması ile yeni biyoaktif adamantane bileşikleri elde edilebilmektedir. Bu bileşiklerin yapıları ve sentezlenmeleri ile ilgili ilk bilgiler teorik ve yarı deneysel hesaplama yöntemleri ile elde edilir. Bu nedenle farklı yan grupların ana halkaya eklenmesi ile ilgili yapısal değişiklikler ve sentez öncesi kimyasal bilgiler bu çalışma kapsamında elde edilmiştir. Ayrıca yapısal farklılıklar tartışılarak en olası üç boyutlu moleküler yapılar açıklanmıştır. Anahtar Kelimeler: Adamantane, Dithiophosphonate, x-lşını Kırınımı, Moleküler Mekanik Hesaplamalar, PM3, AM1. Danışman: Doç. Dr. Semra İDE, Hacettepe Üniversitesi, Fizik Mühendisliği Bölümü, Katıhal Fiziği Anabilim Dalı. TC fteffiöĞSCTfet &U1UW HSrâMANlASYOK MERKEZİ ii

THE MOLECULAR CONFORMATIONS OF SOME DRUG COMPOUNDS WHICH HAVE TRICYCLO [3,3,1,1] DECANE GROUP AND CRYSTAL STRUCTURES OF TWO DITHIOPHOSPHONATE NICKEL COMPLEXES Yusuf ÖZCAN Hacettepe University, Department of Physics Engineering, Solid State Physics Section ABSTRACT In this study, firstly the crystal and the molecular structures of the two nickel complexes listed below have been determined by X-ray diffraction techniques. Dithiophosphonate complexes have found important applications in medical, industrial and agricultural fields. Some types of dithiophosphonate compounds have been effectively utilised as anti-oxidants. Bragg reflections used for structure analysis were collected on an Enraf-Nonius CAD-4 diffractometer with MoKx radiation. In the structure solution of the complexes, the intensity data collected for the specified, are processed by SHELXS97 and SHELXL97, crystal structure and refinement programs, incorporated in the WinGX package. The intra and inter molecular interaction are determined by PARST97. The figures of molecules and chemical diagrams were drawn by ORTEP III and CHEMWIND programs, respectively. I. Trans - Nickel(ll) - bis [ O - 2,4 - di - tert - butylphenyl ( 4 - methoxyphenyl) dithiophosphonato-S.S1] II. Trans - Nickel(ll) - bis [ ( O - propyl` ) - ( p - methoxyphenyl) dithiophosphonate] Secondly, the conformations of seven adamantane compounds; I. 1 -adamantane, II. 1-aminoadamantane, III. 1 -adamantyl-2-methyl-2-propylamine, IV. 1-(1-adamantyl)ethylamine, V. 1 -adamantane carboxam ide, VI. 1 -adamantane carboxylic acid, VII. 1-adamantanol mwere carried out by using MM3, PM3 and AM1 package programs of Alchemy 2000. Many adamantane molecules are known to be medically important. This type bioactive compounds have tricyclo [3, 3, 1, 1] decane molecular group. They may have also very different bioactivities although they contain the same molecular group. For this reason, the structure activity relationship for these compounds is very important. New adamantane compounds may be obtained by substituting some different molecular groups to main molecular structure. Previous knowledges related with molecular structures and chemical synthesis may be obtained by some theoretical and semi-empirical calculation methods. For this reason, structural changes and chemical knowledges (before synthesis) for different substituted adamantane compounds have been determined in this work. On the other hand structural differences were discussed and three dimensional most probable molecular structures have been carried out. Keywords: Adamantane, Dithiophosphonate, X-Ray Diffraction, Molecular Mechanic Calculations, PM3, AMI Advisor: Doç. Dr. Semra İDE, Hacettepe University, Department of Physics Engineering, Solid State Physics Section 1C ffeSMÖ?SETM WUmW M MERKKf iv