Chilo iridescent virüs 458R açık okuma zincirinin moleküler karakterizasyonu
- Global styles
- Apa
- Bibtex
- Chicago Fullnote
- Help
Abstract
Chilo iridescent virüs (CIV), Iridoviridae familyasının Iridovirus cinsine ait biyokontrol ajanı olarak kullanım potansiyeline sahip bir böcek virüsüdür. Ayrıca, aşı geliştirme ve teröpatik ajan olarak kullanılabilme potansiyeline sahipir.. Virüsün bu alanlarda verimli şekilde kullanımı ise moleküler olarak aydınlatılması ile gerçekleştirilebilir. Bu tez kapsamında yapılan biyoinformatik analizler ve literatür araştırması sonucunda, CIV 458R geninin virüsün hücreye tutunma, hücreye giriş, viral replikasyon ve/veya viriyon inşası süreçlerinden biri ya da birkaçında görev yapıyor olabileceği düşünülmüştür. Genin fonksiyonel analizine yönelik planlanan çalışmalara temel oluşturması bakımından bu tezde ilk adım olarak 458R'nin transkripsiyonel analizi yapıldı, genin transkripsiyonu sonucu oluşan mRNA'nın translasyon olmayan uç bölgeleri belirlendi. Bu çalışmalar sonucunda, 458R'nin geç gen olduğu ve enfeksiyonu takiben 12 ila 24. saatler arasında transkripsiyonun başladığı belirlendi. mRNA'nın başlangıç kodonunun hemen yukarısındaki 53 nükleotidlik kısımın 5', stop kodonunun hemen aşağısındaki 40 nükleotidlik kısmın ise 3' translasyon olmayan bölgeleri oluşturduğu tespit edildi. Bu çalışmada, CIV enfeksiyonunda ve/veya yeni viriyon oluşumunda görevli olması muhtemel bir açık okuma zincirinin transkripsiyonel analizi yapılmıştır. Chilo iridescent virus (CIV), belongs to genus Iridovirus of family Iridoviridae, is an insect virus possessing potential use as biocontrol agent. Also, this virus has potential to be utilized for vaccine development and therapeutic purposes. Efficient utilization of the virus for these purposes can be possible by analyzing the virus at molecular level. As a result of the bioinformatics analysis and literature research performed within the scope of this thesis, it is thought that 458R gene encoded by CIV may be playing role in one or more steps such as attachment, entering to the cell, viral replication and/or virion assemble process. For functional analysis of the gene, the transcriptional analysis of 458R and determination of the untranslated regions of synthesized mRNA were determined in this thesis. In a consequence of these study, it was determined that 458R is a late gene and transcription of the gene is started between 12 and 24. hours post infection. It was determined that 5′ untranslated region is located at the 53 nucleotides upstream of start codon of mRNA and 3′ untranslated region is located at the 40 nucleotides downstream of stop codon of mRNA. In this study, transcriptional analysis of an open reading frame, playing a role in CIV infection and/or new virion formation, was carried out.
Collections