Güney Karaman koyun ırkında genetik polimorfizmin RAPD-PCR yöntemi ile belirlenmesi

Abstract

ÖZETYüksek Lisans TeziGÜNEY KARAMAN KOYUN IRKINDA GENETİK POLİMORFİZMİN RAPD-PCRYÖNTEMİ İLE BELİRLENMESİİbrahim AYTEKİNSelçuk Üniversitesi Fen Bilimleri EnstitüsüZootekni Anabilim DalıDanışman: Prof. Dr. Saim BOZTEPE2006, 68Jüri: Prof. Dr. Saim BOZTEPEDoç. Dr. Murat Soner BALCIOĞLUYrd. Doç. Dr. Erdoğan Eşref HAKKIBu çalışmada amaç, RAPD-PCR yöntemini kullanarak Güney Karaman koyunlarındagenetik polimorfizmi belirlemektir. Bireysel genotiplerin analizi genetik benzerlik,polimorfizm ve heterozigotluk gibi populasyon içi genetik parametrelerin anlaşılması içinbilgi sağlamıştır.RAPD-PCR, 8 erkek ve 8 dişi toplam 16 bireysel genotipte rasgele seçilmişoligonükleotid primerler ile gerçekleştirildi. Bu primerlerden çoğaltılabilir ve skorlanabilirolan en uygun 10 primer seçilerek toplam 1451 DNA bandı elde edilmiştir. Bütün RAPDbantları 600-3000 bç (baz çifti) aralığında tespit edilmiştir. Toplam 147 fragmanın 133'üpolimorfik (%90.48) 14'ü monomorfik (%9.52) bulunmuştur. Populasyon içi ortalama genetikbenzerlik (Bant Paylaşım Frekansı, Fxy) ve genetik uzaklık oranları sırasıyla 0.7009 ve0.2991 olarak hesaplanmıştır. Ortalama heterozigotluk oranı 0.3273±0.1697 olarak tahminedilmiştir.Anahtar Kelimeler: Güney Karaman koyun ırkı, polimorfizm, RAPD-PCR

ABSTRACTMasters ThesisDETERMINATION OF GENETIC POLYMORPHISM WITHIN GUNEY KARAMANSHEEP-BREED VIA RAPD-PCR METHODİbrahim AYTEKİNSelçuk UniversityGraduate School of Natural and Applied SciencesDepartment of Animal ScienceSupervisor: Prof. Dr. Saim BOZTEPE2006, 68Jury: Prof. Dr. Saim BOZTEPEAssoc. Prof. Dr. Murat Soner BALCIOĞLUAsist. Prof. Dr. Erdoğan Eşref HAKKIThe objective of this research was to determine the genetic polymorphism withinGüney Karaman sheep by using the Ramdomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD)method. Analysis of individual genotypes provided information for understanding withinpopulation genetic parameters such as genetic similarity, polymorphism and heterozygosity.RAPD-PCR was carried out by using randomly primed oligonucleotide, for 8 maleand 8 female individual genotypes. Among the primers tested, 10 most suitable ones, in termsof repeatability and scorability, were used and 1451 DNA bands were scored. All the RAPDbands were determined to be between 600-3000 bp (base pear) in size. From 147 fragments133 were polymorphic (%90.48) and 14 fragments were monomorphic (%9.52). Withinpopulation avarage genetic similarity (Band Sharing Frequency, Fxy) and genetic distancewere calculated as 0.7001 and 0.2991, respectively. The avarage expected heterozygosity wasestimated as 0.3273±0.1697.Key Words: Güney Karaman sheep-breed, polymorphism, RAPD-PCR